Виведення залежної від масштабу нерівноважної активності за допомогою вуглецевих нанотрубок

Needleman, D. & Dogic, Z. Активна речовина на стику між матеріалознавством і клітинною біологією. Нац. Преподобний Матер. 2, 17048 (2017).

Стаття  CAS  Google Scholar 

Рамасвамі, С. Механіка та статистика активної речовини. Анну. Преп. Конденс. Матерія Фіз. 1, 323 – 345 (2010).

Стаття  Google Scholar 

Marchetti, M. та ін. Гідродинаміка м'якої активної речовини. Преподобний Мод. Фіз. 85, 1143 – 1189 (2013).

Стаття  CAS  Google Scholar 

Бовік, М., Фахрі, Н., Марчетті, М. і Рамасвамі, С. Симетрія, термодинаміка та топологія в активній речовині. фіз. Преп. X 12, 010501 (2022).

CAS  Google Scholar 

Янг, X. та ін. Фізична біоенергетика: потоки енергії, бюджети та обмеження в клітинах. Proc. Natl Acad. Sci. США 118, e2026786118 (2021).

Стаття  CAS  Google Scholar 

Тан, Т. та ін. Самоорганізовані моделі стресу керують змінами стану кори актину. Наук. Адв. 4, eaar2847 (2018).

Стаття  Google Scholar 

Гледроу, Дж., Фахрі, Н., Маккінтош, Ф.К., Шмідт, К.Ф. та Брудерш, К.П. Порушений детальний баланс динаміки ниток в активних мережах. Фіз. Преподобний Лет. 116, 248301 (2016).

Стаття  CAS  Google Scholar 

Ландау Л., Ліфшиц Е., Сайкс Дж. та Рейд В. Теорія пружності (Addison-Wesley 1959).

Brangwynne, CP, Koenderink, GH, MacKintosh, FC & Weitz, DA Нерівноважні флуктуації мікротрубочок у модельному цитоскелеті. Фіз. Преподобний Лет. 100, 118104 (2008).

Стаття  Google Scholar 

England, JL Dissipative adaptation in driven self-assembly. Нат. Нанотехнол. 10, 919 – 923 (2015).

Стаття  CAS  Google Scholar 

Mizuno, D., Tardin, C., Schmidt, CF & MacKintosh, FC Нерівноважна механіка активних цитоскелетних мереж. наука 315, 370 – 373 (2007).

Стаття  CAS  Google Scholar 

Battle, C. та ін. Порушений детальний баланс на мезоскопічних масштабах в активних біологічних системах. наука 352, 604 – 607 (2016).

Стаття  CAS  Google Scholar 

Егольф, Д.А. Відновлена ​​рівновага: від нерівноважного хаосу до статистичної механіки. наука 287, 101 – 104 (2000).

Стаття  CAS  Google Scholar 

Прост Дж., Юліхер Ф. та Джоанні Дж. Ф. Фізика активного гелю. Нац. фіз. 11, 111 – 117 (2015).

Стаття  CAS  Google Scholar 

O'Byrne, J., Kafri, Y., Tailleur, J. & van Wijland, F. Необоротність часу в активній речовині, від мікро до макро. Нац. Rev. Phys. 4, 167 – 183 (2022).

Стаття  Google Scholar 

Gnesotto, FS, Mura, F., Gladrow, J. & Broedersz, CP. Порушений детальний баланс і нерівноважна динаміка в живих системах: огляд. Rep. Prog. фіз. 81, 066601 (2018).

Стаття  CAS  Google Scholar 

Фахрі, Н. та ін. Картування внутрішньоклітинних флуктуацій з високою роздільною здатністю за допомогою вуглецевих нанотрубок. наука 344, 1031 – 1035 (2014).

Стаття  CAS  Google Scholar 

Фахрі, Н., Цибульскі, Д. А., Когнет, Л., Вайсман, Р. Б. і Паскуалі, М. Залежна від діаметра динаміка вигину одностінних вуглецевих нанотрубок у рідинах. Proc. Natl Acad. Sci. США 106, 14219 – 14223 (2009).

Стаття  CAS  Google Scholar 

Фахрі, Н., МакКінтош, Ф.К., Луніс, Б., Когнет, Л. та Паскуалі, М. Броунівський рух жорстких ниток у переповненому середовищі. наука 330, 1804 – 1807 (2010).

Стаття  CAS  Google Scholar 

Муррелл, М. П. і Гардел, М. Л. Вигин F-актину координує скоротливість і розрив у біоміметичній корі актоміозину. Proc. Natl Acad. Sci. США 109, 20820 – 20825 (2012).

Стаття  CAS  Google Scholar 

Вайс, Дж. Б. Інваріантність координат у стохастичних динамічних системах. Теллус А 55, 208 – 218 (2003).

Стаття  Google Scholar 

Крукс, Г. Е. Флуктуаційна теорема виробництва ентропії та нерівноважне робоче співвідношення для різниць вільної енергії. Фіз. Преподобний Е 60, 2721 – 2726 (1999).

Стаття  CAS  Google Scholar 

Ro, S. та ін. Безмодельне вимірювання локального виробництва ентропії та екстрагованої роботи в активній речовині. Фіз. Преподобний Лет. 129, 220601 (2022).

Стаття  CAS  Google Scholar 

Harunari, PE, Dutta, A., Polettini, M. & Roldán, É. Що можна дізнатися зі статистики кількох видимих ​​переходів? фіз. Преп. X 12, 041026 (2022).

CAS  Google Scholar 

van der Meer, J., Ertel, B. & Seifert, U. Термодинамічний висновок у частково доступних мережах Маркова: об’єднуюча перспектива розподілу часу очікування на основі переходів. Препринт на https://arxiv.org/abs/2203.07427 (2022).

van der Meer, J., Degünther, J. & Seifert, U. Часова статистика фрагментів як загальна основа для безмодельних оцінок ентропії. Препринт на https://arxiv.org/abs/2211.17032 (2022).

Roldán, E., Barral, J., Martin, P., Parrondo, JMR & Jülicher, F. Кількісна оцінка виробництва ентропії в активних коливаннях пучка волоскової клітини через незворотність часу та співвідношення невизначеності. Новий J. Phys. 23, 083013 (2021).

Стаття  Google Scholar 

Tucci, G. та ін. Моделювання активних немарківських коливань. Фіз. Преподобний Лет. 129, 030603 (2022).

Стаття  CAS  Google Scholar 

Скіннер, Ді-Джей і Данкель, Дж. Покращені межі виробництва ентропії в живих системах. Proc. Natl Acad. Sci. США 118, e2024300118 (2021).

Стаття  CAS  Google Scholar 

Вайс, Дж. Б., Фокс-Кемпер, Б., Мандал, Д., Нельсон, А. Д. та Зія, Р. К. П. Нерівноважні коливання, ймовірність кутового моменту та кліматична система. J. Stat. фіз. 179, 1010 – 1027 (2020).

Стаття  Google Scholar 

Gonzalez, JP, Neu, JC & Teitsworth, SW Експериментальні показники для виявлення детального порушення балансу. Фіз. Преподобний Е 99, 022143 (2019).

Стаття  CAS  Google Scholar 

Zia, RKP, Weiss, JB, Mandal, D. & Fox-Kemper, B. Явна та тонка циклічна поведінка в нерівноважних стаціонарних станах. J. Phys. конф. Сер. 750, 012003 (2016).

Стаття  Google Scholar 

Лі, Дж., Горовіц, Дж. М., Гінгріч, Т. Р. і Фахрі, Н. Кількісна оцінка дисипації за допомогою флуктуаційних струмів. Nat. Commun. 10, 1666 (2019).

Стаття  Google Scholar 

Го, М. та ін. Дослідження стохастичних властивостей цитоплазми, керованих двигуном, за допомогою мікроскопії силового спектру. Осередок 158, 822 – 832 (2014).

Стаття  CAS  Google Scholar 

MacKintosh, FC & Levine, AJ Нерівноважна механіка та динаміка моторно-активованих гелів. Фіз. Преподобний Лет. 100, 018104 (2008).

Стаття  CAS  Google Scholar 

Малік-Гарбі, М. та ін. Поведінка масштабування в стаціонарних скорочувальних мережах актоміозину. Нац. фіз. 15, 509 – 516 (2019).

Стаття  CAS  Google Scholar 

MacKintosh, FC, Käs, J. & Janmey, PA Еластичність напівгнучких біополімерних мереж. Фіз. Преподобний Лет. 75, 4425 – 4428 (1995).

Стаття  CAS  Google Scholar 

Валентин, М.Т., Перлман, З.Е., Мітчісон, Т.Дж. та Вайц, Д.А. Механічні властивості Ксенопус цитоплазматичні екстракти яєць. Biophys. J. 88, 680 – 689 (2005).

Стаття  CAS  Google Scholar 

Філд, К.М., Пеллетьє, Дж.Ф. і Мітчісон, Т.Дж Методи клітинної біології: цитокінез том. 137 (ed. Echard, A.) 395–435 (Academic, 2017).

Riedl, J. та ін. Lifeact: універсальний маркер для візуалізації F-актину. Нат. Методи 5, 605 – 607 (2008).

Стаття  CAS  Google Scholar 

Chen, DT, Heymann, M., Fraden, S., Nicastro, D. & Dogic, Z. Споживання АТФ еукаріотичними джгутиками, виміряне на рівні однієї клітини. Biophys. J. 109, 2562 – 2573 (2015).

Стаття  CAS  Google Scholar 

Ruhnow, F., Zwicker, D. & Diez, S. Відстеження окремих частинок і витягнутих ниток з нанометровою точністю. Biophys. J. 100, 2820 – 2828 (2011).

Стаття  CAS  Google Scholar