Skálafüggő nem egyensúlyi aktivitás következtetése szén nanocsövek segítségével

Needleman, D. & Dogic, Z. Aktív anyag az anyagtudomány és a sejtbiológia határfelületén. Nat. Rev. Mater. 2, 17048 (2017).

Cikk  CAS  Google Scholar 

Ramaswamy, S. Az aktív anyag mechanikája és statisztikái. Annu. Rev. Condens. Matter Phys. 1, 323 – 345 (2010).

Cikk  Google Scholar 

Marchetti, M. et al. Lágy aktív anyagok hidrodinamikája. Rev. Mod. Phys. 85, 1143 – 1189 (2013).

Cikk  CAS  Google Scholar 

Bowick, M., Fakhri, N., Marchetti, M. & Ramaswamy, S. Szimmetria, termodinamika és topológia aktív anyagokban. Phys. Rev. X 12, 010501 (2022).

CAS  Google Scholar 

Yang, X. et al. Fizikai bioenergetika: energiaáramok, költségvetések és korlátok a sejtekben. Proc. Natl Acad. Sci. USA 118, e2026786118 (2021).

Cikk  CAS  Google Scholar 

Tan, T. et al. Az önszerveződő stresszminták állapotátmeneteket hajtanak végre az aktin kérgében. Sci. Adv. 4, eaar2847 (2018).

Cikk  Google Scholar 

Gladrow, J., Fakhri, N., MacKintosh, F. C., Schmidt, C. F. & Broedersz, C. P. Broken detail balance of filament dynamics in active networks. Phys. Rev. Lett. 116, 248301 (2016).

Cikk  CAS  Google Scholar 

Landau, L., Lifshitz, E., Sykes, J. és Reid, W. Rugalmasság elmélete (Addison-Wesley 1959).

Brangwynne, C. P., Koenderink, G. H., MacKintosh, F. C. & Weitz, D. A. Nonequilibrium microtubules fluktuációk modell citoszkeletonban. Phys. Rev. Lett. 100, 118104 (2008).

Cikk  Google Scholar 

Anglia, JL Disszipatív adaptáció hajtott önszerelésben. Nat. Nanotechnol. 10, 919 – 923 (2015).

Cikk  CAS  Google Scholar 

Mizuno, D., Tardin, C., Schmidt, CF & MacKintosh, FC Az aktív citoszkeletális hálózatok nem egyensúlyi mechanikája. Tudomány 315, 370 – 373 (2007).

Cikk  CAS  Google Scholar 

Battle, C. et al. Megtört részletes egyensúly a mezoszkópikus méretekben aktív biológiai rendszerekben. Tudomány 352, 604 – 607 (2016).

Cikk  CAS  Google Scholar 

Egolf, D. A. Visszanyert egyensúly: a nem egyensúlyi káosztól a statisztikai mechanikáig. Tudomány 287, 101 – 104 (2000).

Cikk  CAS  Google Scholar 

Prost, J., Jülicher, F. és Joanny, J-F. Aktív gélfizika. Nat. Phys. 11, 111 – 117 (2015).

Cikk  CAS  Google Scholar 

O’Byrne, J., Kafri, Y., Tailleur, J. & van Wijland, F. Time irreverzibility in active matter, from micro to makro. Nat. Rev. Phys. 4, 167 – 183 (2022).

Cikk  Google Scholar 

Gnesotto, F. S., Mura, F., Gladrow, J. & Broedersz, C. P. Broken detail balance and non-equilibrium dynamics in living systems: a review. Rep. Prog. Phys. 81, 066601 (2018).

Cikk  CAS  Google Scholar 

Fakhri, N. et al. Az intracelluláris fluktuációk nagy felbontású térképezése szén nanocsövek segítségével. Tudomány 344, 1031 – 1035 (2014).

Cikk  CAS  Google Scholar 

Fakhri, N., Tsyboulski, DA, Cognet, L., Weisman, RB & Pasquali, M. Egyfalú szén nanocsövek átmérőtől függő hajlítási dinamikája folyadékokban. Proc. Natl Acad. Sci. USA 106, 14219 – 14223 (2009).

Cikk  CAS  Google Scholar 

Fakhri, N., MacKintosh, F. C., Lounis, B., Cognet, L. & Pasquali, M. Brownian motion of stiff filaments in an crowded environment. Tudomány 330, 1804 – 1807 (2010).

Cikk  CAS  Google Scholar 

Murrell, M. P. & Gardel, M. L. F-aktin kihajlás koordinálja a kontraktilitást és a szakadást egy biomimetikus aktomiozin kéregben. Proc. Natl Acad. Sci. USA 109, 20820 – 20825 (2012).

Cikk  CAS  Google Scholar 

Weiss, J. B. Koordináta invariancia sztochasztikus dinamikus rendszerekben. Tellus A 55, 208 – 218 (2003).

Cikk  Google Scholar 

Crooks, G. E. Entrópiatermelési ingadozási tétel és a szabadenergia-különbségek nemegyensúlyi munkakapcsolata. Phys. Rev. E 60, 2721 – 2726 (1999).

Cikk  CAS  Google Scholar 

Ro, S. et al. A lokális entrópiatermelés és a kinyerhető munka modell nélküli mérése aktív anyagokban. Phys. Rev. Lett. 129, 220601 (2022).

Cikk  CAS  Google Scholar 

Harunari, PE, Dutta, A., Polettini, M. & Roldán, É. Mit tanulhatunk néhány látható átmenet statisztikájából? Phys. Rev. X 12, 041026 (2022).

CAS  Google Scholar 

van der Meer, J., Ertel, B. & Seifert, U. Termodinamikai következtetés részlegesen hozzáférhető Markov-hálózatokban: egyesítő perspektíva átmeneti alapú várakozási idő eloszlásokból. Előnyomtatás at https://arxiv.org/abs/2203.07427 (2022).

van der Meer, J., Degünther, J. & Seifert, U. Time-resolved Statistics of snippets as general framework for model-free enttropy estimators. Előnyomtatás at https://arxiv.org/abs/2211.17032 (2022).

Roldán, E., Barral, J., Martin, P., Parrondo, J. M. R. & Jülicher, F. Quantifying enttropy production in active fluctuations of the hair-cell bundle from time irreverzibility and uncertainty relations. Új J. Phys. 23, 083013 (2021).

Cikk  Google Scholar 

Tucci, G. et al. Aktív nem-Markov-oszcillációk modellezése. Phys. Rev. Lett. 129, 030603 (2022).

Cikk  CAS  Google Scholar 

Skinner, D. J. & Dunkel, J. Improved bounds on enttropy production in living systems. Proc. Natl Acad. Sci. USA 118, e2024300118 (2021).

Cikk  CAS  Google Scholar 

Weiss, J. B., Fox-Kemper, B., Mandal, D., Nelson, A. D. & Zia, R. K. P. Nonequilibrium oscillations, probability angular momentum, and the klíma system. J. Stat. Phys. 179, 1010 – 1027 (2020).

Cikk  Google Scholar 

Gonzalez, J. P., Neu, J. C. & Teitsworth, S. W. Kísérleti metrikák a részletes egyensúlysértés kimutatására. Phys. Rev. E 99, 022143 (2019).

Cikk  CAS  Google Scholar 

Zia, R. K. P., Weiss, J. B., Mandal, D. és Fox-Kemper, B. Manifest and subtle cyclic behaviour in nonequilibrium steady states. J. Phys. Konf. Ser. 750, 012003 (2016).

Cikk  Google Scholar 

Li, J., Horowitz, JM, Gingrich, TR & Fakhri, N. A disszipáció kvantitatív meghatározása fluktuáló áramok segítségével. Nat. Commun. 10, 1666 (2019).

Cikk  Google Scholar 

Guo, M. et al. A citoplazma sztochasztikus, motoros tulajdonságainak vizsgálata erőspektrum mikroszkóppal. Sejt 158, 822 – 832 (2014).

Cikk  CAS  Google Scholar 

MacKintosh, F. C. & Levine, A. J. Motor-aktivált gélek nem egyensúlyi mechanikája és dinamikája. Phys. Rev. Lett. 100, 018104 (2008).

Cikk  CAS  Google Scholar 

Malik-Garbi, M. et al. Méretezési viselkedés steady-state összehúzódó aktomiozin hálózatokban. Nat. Phys. 15, 509 – 516 (2019).

Cikk  CAS  Google Scholar 

MacKintosh, FC, Käs, J. & Janmey, PA Félig rugalmas biopolimer hálózatok rugalmassága. Phys. Rev. Lett. 75, 4425 – 4428 (1995).

Cikk  CAS  Google Scholar 

Valentine, MT, Perlman, ZE, Mitchison, TJ és Weitz, DA A mechanikai tulajdonságai Xenopus tojás citoplazmakivonatai. Biophys. J. 88, 680 – 689 (2005).

Cikk  CAS  Google Scholar 

Field, CM, Pelletier, JF & Mitchison, TJ be Módszerek a sejtbiológiában: citokinézis Vol. 137 (szerk. Echard, A.) 395–435 (Akadémiai, 2017).

Riedl, J. et al. Lifeact: sokoldalú marker az F-aktin megjelenítéséhez. Nat. Mód 5, 605 – 607 (2008).

Cikk  CAS  Google Scholar 

Chen, D. T., Heymann, M., Fraden, S., Nicastro, D. & Dogic, Z. Az eukarióta flagellák ATP-fogyasztása egysejtszinten mérve. Biophys. J. 109, 2562 – 2573 (2015).

Cikk  CAS  Google Scholar 

Ruhnow, F., Zwicker, D. & Diez, S. Egyetlen részecskék és megnyúlt filamentumok követése nanométeres pontossággal. Biophys. J. 100, 2820 – 2828 (2011).

Cikk  CAS  Google Scholar