Karbon nanotüpler kullanılarak ölçeğe bağlı denge dışı aktivite çıkarımı

Needleman, D. ve Dogic, Z. Malzeme bilimi ve hücre biyolojisi arasındaki arayüzdeki aktif madde. Nat. Rahip Mater. 2, 17048 (2017).

makale  CAS  Google Scholar 

Ramaswamy, S. Aktif maddenin mekaniği ve istatistiği. Annu. Rev. Yoğunlaşıyor. Madde Fiz. 1, 323 – 345 (2010).

makale  Google Scholar 

Marchetti, M. ve ark. Yumuşak aktif maddenin hidrodinamiği. Rev. Modu. Phys. 85, 1143 – 1189 (2013).

makale  CAS  Google Scholar 

Bowick, M., Fakhri, N., Marchetti, M. & Ramaswamy, S. Aktif maddede simetri, termodinamik ve topoloji. Fizik Rev X 12, 010501 (2022).

CAS  Google Scholar 

Yang, X. ve ark. Fiziksel biyoenerjetik: hücrelerdeki enerji akışları, bütçeler ve kısıtlamalar. Proc. Natl Acad. Sci. Amerika Birleşik Devletleri 118, e2026786118 (2021).

makale  CAS  Google Scholar 

Tan, T. ve ark. Kendi kendine organize olan stres kalıpları, aktin kortekslerindeki durum geçişlerini yönlendirir. Sci. Gelişmiş. 4, ea2847 (2018).

makale  Google Scholar 

Gladrow, J., Fakhri, N., MacKintosh, FC, Schmidt, CF & Broedersz, CP Aktif ağlarda filaman dinamiklerinin ayrıntılı dengesi bozuldu. Fizik Rev. Lett. 116, 248301 (2016).

makale  CAS  Google Scholar 

Landau, L., Lifshitz, E., Sykes, J. ve Reid, W. Esneklik Teorisi (Addison-Wesley 1959).

Brangwynne, CP, Koenderink, GH, MacKintosh, FC & Weitz, DA Bir model hücre iskeletinde denge dışı mikrotübül dalgalanmaları. Fizik Rev. Lett. 100, 118104 (2008).

makale  Google Scholar 

İngiltere, JL Tahrikli kendi kendine montajda enerji tüketen adaptasyon. Nat. Nanoteknoloji. 10, 919 – 923 (2015).

makale  CAS  Google Scholar 

Mizuno, D., Tardin, C., Schmidt, CF & MacKintosh, FC Aktif hücre iskeleti ağlarının denge dışı mekaniği. Bilim 315, 370 – 373 (2007).

makale  CAS  Google Scholar 

Battle, C. ve ark. Aktif biyolojik sistemlerde mezoskopik ölçeklerde ayrıntılı dengenin bozulması. Bilim 352, 604 – 607 (2016).

makale  CAS  Google Scholar 

Egolf, DA Denge yeniden kazanıldı: dengesizlik kaosundan istatistiksel mekaniğe. Bilim 287, 101 – 104 (2000).

makale  CAS  Google Scholar 

Prost, J., Jülicher, F. ve Joanny, JF. Aktif jel fiziği. Nat. Fizik 11, 111 – 117 (2015).

makale  CAS  Google Scholar 

O'Byrne, J., Kafri, Y., Tailleur, J. & van Wijland, F. Aktif maddede mikrodan makroya zamanın tersinmezliği. Nat. Rev. Fizik 4, 167 – 183 (2022).

makale  Google Scholar 

Gnesotto, FS, Mura, F., Gladrow, J. & Broedersz, CP Canlı sistemlerde kırık ayrıntılı denge ve denge dışı dinamikler: bir inceleme. Temsilci Prog. Fizik 81, 066601 (2018).

makale  CAS  Google Scholar 

Fakhri, N. ve ark. Karbon nanotüpler kullanılarak hücre içi dalgalanmaların yüksek çözünürlüklü haritalanması. Bilim 344, 1031 – 1035 (2014).

makale  CAS  Google Scholar 

Fakhri, N., Tsyboulski, DA, Cognet, L., Weisman, RB & Pasquali, M. Sıvılardaki tek duvarlı karbon nanotüplerin çapa bağlı bükülme dinamikleri. Proc. Natl Acad. Sci. Amerika Birleşik Devletleri 106, 14219 – 14223 (2009).

makale  CAS  Google Scholar 

Fakhri, N., MacKintosh, FC, Lounis, B., Cognet, L. & Pasquali, M. Kalabalık bir ortamda sert filamentlerin Brownian hareketi. Bilim 330, 1804 – 1807 (2010).

makale  CAS  Google Scholar 

Murrell, MP & Gardel, ML F-aktin burkulması, biyomimetik bir aktomiyosin korteksindeki kontraktiliteyi ve ayrılmayı koordine eder. Proc. Natl Acad. Sci. Amerika Birleşik Devletleri 109, 20820 – 20825 (2012).

makale  CAS  Google Scholar 

Weiss, JB Stokastik dinamik sistemlerde koordinat değişmezliği. Tellus A 55, 208 – 218 (2003).

makale  Google Scholar 

Crooks, GE Entropi üretim dalgalanma teoremi ve serbest enerji farklılıkları için dengesiz iş ilişkisi. Fizik Rev. E 60, 2721 – 2726 (1999).

makale  CAS  Google Scholar 

Ro, S. ve ark. Yerel entropi üretiminin ve aktif maddedeki çıkarılabilir işin modelsiz ölçümü. Fizik Rev. Lett. 129, 220601 (2022).

makale  CAS  Google Scholar 

Harunari, PE, Dutta, A., Polettini, M. & Roldán, É. Birkaç görünür geçiş istatistiğinden ne öğrenmeliyiz? Fizik Rev X 12, 041026 (2022).

CAS  Google Scholar 

van der Meer, J., Ertel, B. & Seifert, U. Kısmen erişilebilir Markov ağlarında termodinamik çıkarım: geçişe dayalı bekleme süresi dağılımlarından birleştirici bir bakış açısı. Ön baskı saati https://arxiv.org/abs/2203.07427 (2022).

van der Meer, J., Degünther, J. & Seifert, U. Modelden bağımsız entropi tahmincileri için genel çerçeve olarak parçacıkların zamanla çözümlenen istatistikleri. Ön baskı saati https://arxiv.org/abs/2211.17032 (2022).

Roldán, E., Barral, J., Martin, P., Parrondo, JMR & Jülicher, F. Saç hücresi demetinin zamanın geri döndürülemezliği ve belirsizlik ilişkilerinden kaynaklanan aktif dalgalanmalarındaki entropi üretiminin ölçülmesi. Yeni J. Phys. 23, 083013 (2021).

makale  Google Scholar 

Tucci, G. ve diğerleri. Aktif Markovian olmayan salınımların modellenmesi. Fizik Rev. Lett. 129, 030603 (2022).

makale  CAS  Google Scholar 

Skinner, DJ & Dunkel, J. Canlı sistemlerde entropi üretimine ilişkin geliştirilmiş sınırlar. Proc. Natl Acad. Sci. Amerika Birleşik Devletleri 118, e2024300118 (2021).

makale  CAS  Google Scholar 

Weiss, JB, Fox-Kemper, B., Mandal, D., Nelson, AD & Zia, RKP Dengesizlik salınımları, olasılık açısal momentum ve iklim sistemi. J. Stat. fizik 179, 1010 – 1027 (2020).

makale  Google Scholar 

Gonzalez, JP, Neu, JC & Teitsworth, SW Ayrıntılı denge ihlalinin tespiti için deneysel ölçümler. Fizik Rev. E 99, 022143 (2019).

makale  CAS  Google Scholar 

Zia, RKP, Weiss, JB, Mandal, D. & Fox-Kemper, B. Dengesiz kararlı durumlarda belirgin ve ince döngüsel davranış. J. Fizik Konf. Sör. 750, 012003 (2016).

makale  Google Scholar 

Li, J., Horowitz, JM, Gingrich, TR & Fakhri, N. Dalgalanan akımları kullanarak dağılımın ölçülmesi. Nat. Commun. 10, 1666 (2019).

makale  Google Scholar 

Guo, M. ve diğerleri. Kuvvet spektrumu mikroskobu kullanılarak sitoplazmanın stokastik, motorla tahrik edilen özelliklerinin araştırılması. Hücre 158, 822 – 832 (2014).

makale  CAS  Google Scholar 

MacKintosh, FC & Levine, AJ Motorla etkinleşen jellerin denge mekaniği ve dinamiği. Fizik Rev. Lett. 100, 018104 (2008).

makale  CAS  Google Scholar 

Malik-Garbi, M. ve ark. Kararlı durum sözleşmeli aktomiosin ağlarında ölçeklendirme davranışı. Nat. Fizik 15, 509 – 516 (2019).

makale  CAS  Google Scholar 

MacKintosh, FC, Käs, J. & Janmey, PA Yarı esnek biyopolimer ağların esnekliği. Fizik Rev. Lett. 75, 4425 – 4428 (1995).

makale  CAS  Google Scholar 

Valentine, MT, Perlman, ZE, Mitchison, TJ & Weitz, DA Mekanik özellikler Ksenopus yumurta sitoplazmik ekstreleri. Biophys. J. 88, 680 – 689 (2005).

makale  CAS  Google Scholar 

Field, CM, Pelletier, JF & Mitchison, TJ in Hücre Biyolojisinde Yöntemler: Sitokinez Cilt 137 (ed. Echard, A.) 395–435 (Akademik, 2017).

Riedl, J. ve diğerleri. Lifeact: F-aktin'i görselleştirmek için çok yönlü bir işaretleyici. Nat. Yöntemler 5, 605 – 607 (2008).

makale  CAS  Google Scholar 

Chen, DT, Heymann, M., Fraden, S., Nicastro, D. & Dogic, Z. Tek hücre düzeyinde ölçülen ökaryotik flagella'nın ATP tüketimi. Biophys. J. 109, 2562 – 2573 (2015).

makale  CAS  Google Scholar 

Ruhnow, F., Zwicker, D. & Diez, S. Tek parçacıkları ve uzun filamentleri nanometre hassasiyetiyle izleme. Biophys. J. 100, 2820 – 2828 (2011).

makale  CAS  Google Scholar