Att sluta sig till skalberoende icke-jämviktsaktivitet med hjälp av kolnanorör

Needleman, D. & Dogic, Z. Aktiv materia i gränssnittet mellan materialvetenskap och cellbiologi. Nat. Pastor Mater. 2, 17048 (2017).

Artikeln  CAS  Google Scholar 

Ramaswamy, S. Mekaniken och statistiken för aktiv materia. Annu. Rev. Condens. Matter Phys. 1, 323-345 (2010).

Artikeln  Google Scholar 

Marchetti, M. et al. Hydrodynamik av mjukt aktivt material. Rev. mod. Phys. 85, 1143-1189 (2013).

Artikeln  CAS  Google Scholar 

Bowick, M., Fakhri, N., Marchetti, M. & Ramaswamy, S. Symmetri, termodynamik och topologi i aktiv materia. Phys. Rev. X. 12, 010501 (2022).

CAS  Google Scholar 

Yang, X. et al. Fysisk bioenergetik: energiflöden, budgetar och begränsningar i celler. Proc. Natl Acad. Sci. usa 118, e2026786118 (2021).

Artikeln  CAS  Google Scholar 

Tan, T. et al. Självorganiserade stressmönster driver tillståndsövergångar i aktinbarken. Sci. Adv. 4, ear2847 (2018).

Artikeln  Google Scholar 

Gladrow, J., Fakhri, N., MacKintosh, FC, Schmidt, CF & Broedersz, CP Brutna detaljerad balans av filamentdynamik i aktiva nätverk. Phys. Pastor Lett. 116, 248301 (2016).

Artikeln  CAS  Google Scholar 

Landau, L., Lifshitz, E., Sykes, J., & Reid, W. Teori om elasticitet (Addison-Wesley 1959).

Brangwynne, CP, Koenderink, GH, MacKintosh, FC & Weitz, DA Nonequilibrium mikrotubulusfluktuationer i ett modellcytoskelett. Phys. Pastor Lett. 100, 118104 (2008).

Artikeln  Google Scholar 

England, JL Dissipativ anpassning i driven självmontering. Nat. Nanoteknik. 10, 919-923 (2015).

Artikeln  CAS  Google Scholar 

Mizuno, D., Tardin, C., Schmidt, CF & MacKintosh, FC Nonequilibrium mekanik för aktiva cytoskelettnätverk. Vetenskap 315, 370-373 (2007).

Artikeln  CAS  Google Scholar 

Battle, C. et al. Bruten detaljerad balans vid mesoskopiska skalor i aktiva biologiska system. Vetenskap 352, 604-607 (2016).

Artikeln  CAS  Google Scholar 

Egolf, DA Jämvikten återvunnen: från icke-jämviktskaos till statistisk mekanik. Vetenskap 287, 101-104 (2000).

Artikeln  CAS  Google Scholar 

Prost, J., Jülicher, F. & Joanny, JF. Aktiv gelfysik. Nat. Phys. 11, 111-117 (2015).

Artikeln  CAS  Google Scholar 

O'Byrne, J., Kafri, Y., Tailleur, J. & van Wijland, F. Tidsirreversibilitet i aktiv materia, från mikro till makro. Nat. Rev Phys. 4, 167-183 (2022).

Artikeln  Google Scholar 

Gnesotto, FS, Mura, F., Gladrow, J. & Broedersz, CP Bruten detaljerad balans och icke-jämviktsdynamik i levande system: en översikt. Rep. Prog. Phys. 81, 066601 (2018).

Artikeln  CAS  Google Scholar 

Fakhri, N. et al. Högupplöst kartläggning av intracellulära fluktuationer med hjälp av kolnanorör. Vetenskap 344, 1031-1035 (2014).

Artikeln  CAS  Google Scholar 

Fakhri, N., Tsyboulski, DA, Cognet, L., Weisman, RB & Pasquali, M. Diameterberoende böjdynamik hos enkelväggiga kolnanorör i vätskor. Proc. Natl Acad. Sci. usa 106, 14219-14223 (2009).

Artikeln  CAS  Google Scholar 

Fakhri, N., MacKintosh, FC, Lounis, B., Cognet, L. & Pasquali, M. Brownsk rörelse av styva filament i en trång miljö. Vetenskap 330, 1804-1807 (2010).

Artikeln  CAS  Google Scholar 

Murrell, MP & Gardel, ML F-aktin buckling koordinerar kontraktilitet och severing i en biomimetisk actomyosin cortex. Proc. Natl Acad. Sci. usa 109, 20820-20825 (2012).

Artikeln  CAS  Google Scholar 

Weiss, JB Koordinatinvarians i stokastiska dynamiska system. Tellus A 55, 208-218 (2003).

Artikeln  Google Scholar 

Crooks, GE Entropiproduktionsfluktuationssats och icke-jämviktsarbetsrelationen för fri energiskillnader. Phys. Pastor E 60, 2721-2726 (1999).

Artikeln  CAS  Google Scholar 

Ro, S. et al. Modellfri mätning av lokal entropiproduktion och extraherbart arbete i aktivt material. Phys. Pastor Lett. 129, 220601 (2022).

Artikeln  CAS  Google Scholar 

Harunari, PE, Dutta, A., Polettini, M. & Roldán, É. Vad ska man lära sig av statistiken över några synliga övergångar? Phys. Rev. X. 12, 041026 (2022).

CAS  Google Scholar 

van der Meer, J., Ertel, B. & Seifert, U. Termodynamisk slutledning i delvis tillgängliga Markov-nätverk: ett förenande perspektiv från övergångsbaserade väntetidsfördelningar. Förtryck kl https://arxiv.org/abs/2203.07427 (2022).

van der Meer, J., Degünther, J. & Seifert, U. Tidsupplöst statistik över utdrag som allmän ram för modellfria entropiuppskattare. Förtryck kl https://arxiv.org/abs/2211.17032 (2022).

Roldán, E., Barral, J., Martin, P., Parrondo, JMR & Jülicher, F. Kvantifiera entropiproduktion i aktiva fluktuationer av hårcellsbunten från tidsirreversibilitet och osäkerhetsrelationer. Nya J. Phys. 23, 083013 (2021).

Artikeln  Google Scholar 

Tucci, G. et al. Modellering av aktiva icke-markovska svängningar. Phys. Pastor Lett. 129, 030603 (2022).

Artikeln  CAS  Google Scholar 

Skinner, DJ & Dunkel, J. Förbättrade gränser för entropiproduktion i levande system. Proc. Natl Acad. Sci. usa 118, e2024300118 (2021).

Artikeln  CAS  Google Scholar 

Weiss, JB, Fox-Kemper, B., Mandal, D., Nelson, AD & Zia, RKP Icke-jämviktssvängningar, sannolikhetsmomentum och klimatsystemet. J. Stat. Phys. 179, 1010-1027 (2020).

Artikeln  Google Scholar 

Gonzalez, JP, Neu, JC & Teitsworth, SW Experimentella mätvärden för upptäckt av detaljerad balansöverträdelse. Phys. Pastor E 99, 022143 (2019).

Artikeln  CAS  Google Scholar 

Zia, RKP, Weiss, JB, Mandal, D. & Fox-Kemper, B. Manifest och subtilt cykliskt beteende i stabila tillstånd utan jämvikt. J. Phys. Konf. Ser. 750, 012003 (2016).

Artikeln  Google Scholar 

Li, J., Horowitz, JM, Gingrich, TR & Fakhri, N. Kvantifiera förlust med hjälp av fluktuerande strömmar. Nat. Commun. 10, 1666 (2019).

Artikeln  Google Scholar 

Guo, M. et al. Undersöka de stokastiska, motordrivna egenskaperna hos cytoplasman med hjälp av kraftspektrummikroskopi. Cell 158, 822-832 (2014).

Artikeln  CAS  Google Scholar 

MacKintosh, FC & Levine, AJ Ingen jämviktsmekanik och dynamik hos motoraktiverade geler. Phys. Pastor Lett. 100, 018104 (2008).

Artikeln  CAS  Google Scholar 

Malik-Garbi, M. et al. Skalningsbeteende i steady-state kontrakterande aktomyosinnätverk. Nat. Phys. 15, 509-516 (2019).

Artikeln  CAS  Google Scholar 

MacKintosh, FC, Käs, J. & Janmey, PA Elasticitet hos semiflexibla biopolymernätverk. Phys. Pastor Lett. 75, 4425-4428 (1995).

Artikeln  CAS  Google Scholar 

Valentine, MT, Perlman, ZE, Mitchison, TJ & Weitz, DA Mekaniska egenskaper hos Xenopus ägg cytoplasmatiska extrakt. Biophys. J. 88, 680-689 (2005).

Artikeln  CAS  Google Scholar 

Field, CM, Pelletier, JF & Mitchison, TJ in Metoder inom cellbiologi: Cytokinesis Vol. 137 (red. Echard, A.) 395–435 (Academic, 2017).

Riedl, J. et al. Lifeact: en mångsidig markör för att visualisera F-aktin. Nat. metoder 5, 605-607 (2008).

Artikeln  CAS  Google Scholar 

Chen, DT, Heymann, M., Fraden, S., Nicastro, D. & Dogic, Z. ATP-konsumtion av eukaryota flageller mätt på encellsnivå. Biophys. J. 109, 2562-2573 (2015).

Artikeln  CAS  Google Scholar 

Ruhnow, F., Zwicker, D. & Diez, S. Spåra enstaka partiklar och långsträckta filament med nanometerprecision. Biophys. J. 100, 2820-2828 (2011).

Artikeln  CAS  Google Scholar