Wnioskowanie o aktywności nierównowagowej zależnej od skali przy użyciu nanorurek węglowych

Needleman, D. & Dogic, Z. Aktywna materia na styku materiałoznawstwa i biologii komórki. Nat. Rev Mater. 2, 17048 (2017).

Artykuł  CAS  Google Scholar 

Ramaswamy, S. Mechanika i statystyka materii aktywnej. Annu. Ks. Condens. Fizyka materii. 1, 323 – 345 (2010).

Artykuł  Google Scholar 

Marchetti, M. i in. Hydrodynamika miękkiej materii czynnej. Rev. Mod. Fiz. 85, 1143 – 1189 (2013).

Artykuł  CAS  Google Scholar 

Bowick, M., Fakhri, N., Marchetti, M. i Ramaswamy, S. Symetria, termodynamika i topologia w materii aktywnej. Fiz. Rev. X 12, 010501 (2022).

CAS  Google Scholar 

Yang, X. i in. Bioenergetyka fizyczna: strumienie energii, budżety i ograniczenia w komórkach. Proc. Natl Acad. Sci. USA 118, e2026786118 (2021).

Artykuł  CAS  Google Scholar 

Tan, T. i in. Samoorganizujące się wzorce stresu napędzają zmiany stanów w korze aktynowej. Nauka. Przysł. 4, EAAR2847 (2018).

Artykuł  Google Scholar 

Gladrow, J., Fakhri, N., MacKintosh, FC, Schmidt, CF & Broedersz, CP Zepsuta szczegółowa równowaga dynamiki włókien w aktywnych sieciach. Phys. Wielebny Lett. 116, 248301 (2016).

Artykuł  CAS  Google Scholar 

Landau, L., Lifshitz, E., Sykes, J., & Reid, W. Teoria sprężystości (Addison-Wesley 1959).

Brangwynne, CP, Koenderink, GH, MacKintosh, FC & Weitz, DA Nierównowagowe fluktuacje mikrotubuli w modelowym cytoszkielecie. Phys. Wielebny Lett. 100, 118104 (2008).

Artykuł  Google Scholar 

Anglia, JL Dyssypatywna adaptacja w napędzanym samoorganizacji. Nat. Nanotechnologia. 10, 919 – 923 (2015).

Artykuł  CAS  Google Scholar 

Mizuno, D., Tardin, C., Schmidt, CF i MacKintosh, FC Mechanika nierównowagi aktywnych sieci cytoszkieletu. nauka 315, 370 – 373 (2007).

Artykuł  CAS  Google Scholar 

Bitwa, C. i in. Złamana równowaga szczegółowa w skalach mezoskopowych w aktywnych systemach biologicznych. nauka 352, 604 – 607 (2016).

Artykuł  CAS  Google Scholar 

Egolf, DA Równowaga odzyskana: od chaosu nierównowagi do mechaniki statystycznej. nauka 287, 101 – 104 (2000).

Artykuł  CAS  Google Scholar 

Prost, J., Jülicher, F. & Joanny, JF. Fizyka aktywnego żelu. Nat. Fiz. 11, 111 – 117 (2015).

Artykuł  CAS  Google Scholar 

O'Byrne, J., Kafri, Y., Tailleur, J. i van Wijland, F. Nieodwracalność czasu w materii aktywnej, od mikro do makro. Nat. ks. 4, 167 – 183 (2022).

Artykuł  Google Scholar 

Gnesotto, FS, Mura, F., Gladrow, J. & Broedersz, CP Zepsuta szczegółowa równowaga i dynamika braku równowagi w systemach żywych: przegląd. Rep. Prog. Fiz. 81, 066601 (2018).

Artykuł  CAS  Google Scholar 

Fakhri, N. i in. Mapowanie fluktuacji wewnątrzkomórkowych w wysokiej rozdzielczości przy użyciu nanorurek węglowych. nauka 344, 1031 – 1035 (2014).

Artykuł  CAS  Google Scholar 

Fakhri, N., Tsyboulski, DA, Cognet, L., Weisman, RB & Pasquali, M. Zależna od średnicy dynamika zginania jednościennych nanorurek węglowych w cieczach. Proc. Natl Acad. Sci. USA 106, 14219 – 14223 (2009).

Artykuł  CAS  Google Scholar 

Fakhri, N., MacKintosh, FC, Lounis, B., Cognet, L. & Pasquali, M. Brownian ruch sztywnych włókien w zatłoczonym środowisku. nauka 330, 1804 – 1807 (2010).

Artykuł  CAS  Google Scholar 

Murrell, MP & Gardel, ML Wyboczenie F-aktyny koordynuje kurczliwość i przecinanie w biomimetycznej korze aktomiozyny. Proc. Natl Acad. Sci. USA 109, 20820 – 20825 (2012).

Artykuł  CAS  Google Scholar 

Weiss, JB Niezmienność współrzędnych w stochastycznych układach dynamicznych. Tellus A 55, 208 – 218 (2003).

Artykuł  Google Scholar 

Crooks, twierdzenie Entropii GE o fluktuacji produkcji i praca nierównowagowa dla różnic energii swobodnej. Fiz. Rev. E. 60, 2721 – 2726 (1999).

Artykuł  CAS  Google Scholar 

Ro, S. i in. Bezmodelowy pomiar lokalnej produkcji entropii i możliwej do wydobycia pracy w materii aktywnej. Phys. Wielebny Lett. 129, 220601 (2022).

Artykuł  CAS  Google Scholar 

Harunari, PE, Dutta, A., Polettini, M. & Roldán, É. Czego można się dowiedzieć z kilku widocznych statystyk przejść? Fiz. Rev. X 12, 041026 (2022).

CAS  Google Scholar 

van der Meer, J., Ertel, B. & Seifert, U. Wnioskowanie termodynamiczne w częściowo dostępnych sieciach Markowa: jednocząca perspektywa z rozkładów czasu oczekiwania opartych na przejściach. Preprint o godz https://arxiv.org/abs/2203.07427 (2022).

van der Meer, J., Degünther, J. & Seifert, U. Rozwiązane w czasie statystyki fragmentów jako ogólne ramy dla bezmodelowych estymatorów entropii. Preprint o godz https://arxiv.org/abs/2211.17032 (2022).

Roldán, E., Barral, J., Martin, P., Parrondo, JMR & Jülicher, F. Kwantyfikacja produkcji entropii w aktywnych fluktuacjach wiązki komórek rzęsatych na podstawie relacji nieodwracalności i niepewności w czasie. Nowa fizyka J. 23, 083013 (2021).

Artykuł  Google Scholar 

Tucci, G. i in. Modelowanie aktywnych oscylacji niemarkowskich. Phys. Wielebny Lett. 129, 030603 (2022).

Artykuł  CAS  Google Scholar 

Skinner, DJ & Dunkel, J. Ulepszone granice produkcji entropii w żywych systemach. Proc. Natl Acad. Sci. USA 118, e2024300118 (2021).

Artykuł  CAS  Google Scholar 

Weiss, JB, Fox-Kemper, B., Mandal, D., Nelson, AD & Zia, RKP Oscylacje w stanie nierównowagi, prawdopodobieństwo momentu pędu i system klimatyczny. J. Stat. fizyka 179, 1010 – 1027 (2020).

Artykuł  Google Scholar 

Gonzalez, JP, Neu, JC & Teitsworth, SW Metryki eksperymentalne do wykrywania szczegółowych naruszeń równowagi. Fiz. Rev. E. 99, 022143 (2019).

Artykuł  CAS  Google Scholar 

Zia, RKP, Weiss, JB, Mandal, D. & Fox-Kemper, B. Manifest i subtelne zachowanie cykliczne w nierównowagowych stanach stacjonarnych. J. Fiz. Konf. Ser. 750, 012003 (2016).

Artykuł  Google Scholar 

Li, J., Horowitz, JM, Gingrich, TR i Fakhri, N. Kwantyfikacja rozpraszania za pomocą prądów zmiennych. Nat. Commun. 10, 1666 (2019).

Artykuł  Google Scholar 

Guo, M. i in. Badanie stochastycznych, motorycznych właściwości cytoplazmy za pomocą mikroskopii ze spektrum sił. Komórka 158, 822 – 832 (2014).

Artykuł  CAS  Google Scholar 

MacKintosh, FC & Levine, AJ Mechanika nierównowagi i dynamika żeli aktywowanych motorycznie. Phys. Wielebny Lett. 100, 018104 (2008).

Artykuł  CAS  Google Scholar 

Malik-Garbi, M. i in. Zachowanie skalowania w sieciach aktomiozyny kurczących się w stanie ustalonym. Nat. Fiz. 15, 509 – 516 (2019).

Artykuł  CAS  Google Scholar 

MacKintosh, FC, Käs, J. & Janmey, PA Elastyczność półelastycznych sieci biopolimerowych. Phys. Wielebny Lett. 75, 4425 – 4428 (1995).

Artykuł  CAS  Google Scholar 

Valentine, MT, Perlman, ZE, Mitchison, TJ & Weitz, DA Właściwości mechaniczne Ksenopus ekstrakty cytoplazmatyczne jaja. Biofizy. JOT. 88, 680 – 689 (2005).

Artykuł  CAS  Google Scholar 

Field, CM, Pelletier, JF & Mitchison, TJ in Metody biologii komórki: cytokineza Tom. 137 (red. Echard, A.) 395–435 (Academic, 2017).

Riedl, J. i in. Lifeact: wszechstronny marker do wizualizacji F-aktyny. Nat. Metody 5, 605 – 607 (2008).

Artykuł  CAS  Google Scholar 

Chen, DT, Heymann, M., Fraden, S., Nicastro, D. & Dogic, Z. Zużycie ATP wici eukariotycznej mierzone na poziomie pojedynczej komórki. Biofizy. JOT. 109, 2562 – 2573 (2015).

Artykuł  CAS  Google Scholar 

Ruhnow, F., Zwicker, D. & Diez, S. Śledzenie pojedynczych cząstek i wydłużonych włókien z nanometrową precyzją. Biofizy. JOT. 100, 2820 – 2828 (2011).

Artykuł  CAS  Google Scholar