Skaalast sõltuva mittetasakaalulise aktiivsuse järeldamine süsiniknanotorude abil

Needleman, D. & Dogic, Z. Aktiivne aine materjaliteaduse ja rakubioloogia kokkupuutepunktis. Nat. Rev. Mater. 2, 17048 (2017).

Artikkel  CAS  Google Scholar 

Ramaswamy, S. Aktiivse aine mehaanika ja statistika. Annu. Rev. Condens. Matter Phys. 1, 323 – 345 (2010).

Artikkel  Google Scholar 

Marchetti, M. et al. Pehme aktiivaine hüdrodünaamika. Rev. Mod. Phys. 85, 1143 – 1189 (2013).

Artikkel  CAS  Google Scholar 

Bowick, M., Fakhri, N., Marchetti, M. & Ramaswamy, S. Sümmeetria, termodünaamika ja topoloogia aktiivaines. Phys. Rev. X 12, 010501 (2022).

CAS  Google Scholar 

Yang, X. et al. Füüsiline bioenergeetika: energiavood, eelarved ja piirangud rakkudes. Proc. Natl Acad. Sci. USA 118, e2026786118 (2021).

Artikkel  CAS  Google Scholar 

Tan, T. et al. Iseorganiseerunud stressimustrid põhjustavad oleku üleminekuid aktiini ajukoores. Sci. Adv. 4, eaar2847 (2018).

Artikkel  Google Scholar 

Gladrow, J., Fakhri, N., MacKintosh, FC, Schmidt, CF & Broedersz, CP Aktiivsetes võrkudes hõõgniidi dünaamika purunenud detailne tasakaal. Phys. Rev. Lett. 116, 248301 (2016).

Artikkel  CAS  Google Scholar 

Landau, L., Lifshitz, E., Sykes, J. ja Reid, W. Elastsuse teooria (Addison-Wesley 1959).

Brangwynne, CP, Koenderink, GH, MacKintosh, FC & Weitz, DA Mittetasakaalulised mikrotuubulite kõikumised mudeltsütoskeletis. Phys. Rev. Lett. 100, 118104 (2008).

Artikkel  Google Scholar 

Inglismaa, JL Dissipatiivne kohanemine juhitavas isekoosseisus. Nat. Nanotehnoloogia. 10, 919 – 923 (2015).

Artikkel  CAS  Google Scholar 

Mizuno, D., Tardin, C., Schmidt, CF & MacKintosh, FC Aktiivsete tsütoskeleti võrkude mittetasakaalumehaanika. teadus 315, 370 – 373 (2007).

Artikkel  CAS  Google Scholar 

Battle, C. et al. Purustatud detailne tasakaal mesoskoopilistel kaaludel aktiivsetes bioloogilistes süsteemides. teadus 352, 604 – 607 (2016).

Artikkel  CAS  Google Scholar 

Egolf, DA Tasakaal taastus: tasakaalutust kaosest statistilise mehaanikani. teadus 287, 101 – 104 (2000).

Artikkel  CAS  Google Scholar 

Prost, J., Jülicher, F. ja Joanny, JF. Aktiivne geelifüüsika. Nat. Phys. 11, 111 – 117 (2015).

Artikkel  CAS  Google Scholar 

O'Byrne, J., Kafri, Y., Tailleur, J. & van Wijland, F. Aja pöördumatus aktiivaines, mikrost makroni. Nat. Rev. Phys. 4, 167 – 183 (2022).

Artikkel  Google Scholar 

Gnesotto, FS, Mura, F., Gladrow, J. & Broedersz, CP Purustatud detailne tasakaal ja mittetasakaalu dünaamika elussüsteemides: ülevaade. Vaba Prog. Phys. 81, 066601 (2018).

Artikkel  CAS  Google Scholar 

Fakhri, N. et al. Rakusiseste kõikumiste kõrge eraldusvõimega kaardistamine süsinik-nanotorude abil. teadus 344, 1031 – 1035 (2014).

Artikkel  CAS  Google Scholar 

Fakhri, N., Tsyboulski, DA, Cognet, L., Weisman, RB & Pasquali, M. Diameter-dependent bending dynamics of single-walled süsiniknanotorud vedelikes. Proc. Natl Acad. Sci. USA 106, 14219 – 14223 (2009).

Artikkel  CAS  Google Scholar 

Fakhri, N., MacKintosh, FC, Lounis, B., Cognet, L. & Pasquali, M. Browni liikumine jäikade filamentide kohta rahvarohkes keskkonnas. teadus 330, 1804 – 1807 (2010).

Artikkel  CAS  Google Scholar 

Murrell, MP & Gardel, ML F-aktiini paindumine koordineerib kontraktiilsust ja katkemist biomimeetilises aktomüosiini ajukoores. Proc. Natl Acad. Sci. USA 109, 20820 – 20825 (2012).

Artikkel  CAS  Google Scholar 

Weiss, JB Koordinaatide invariantsus stohhastilistes dünaamilistes süsteemides. Tellus A 55, 208 – 218 (2003).

Artikkel  Google Scholar 

Crooks, GE Entropy tootmise kõikumise teoreem ja vaba energia erinevuste mittetasakaaluline tööseos. Phys. Rev E 60, 2721 – 2726 (1999).

Artikkel  CAS  Google Scholar 

Ro, S. et al. Mudelivaba lokaalse entroopia tootmise ja ekstraheeritava töö mõõtmine aktiivaines. Phys. Rev. Lett. 129, 220601 (2022).

Artikkel  CAS  Google Scholar 

Harunari, P. E., Dutta, A., Polettini, M. & Roldán, É. What to learn from a few visible transitions’ statistics? Phys. Rev. X 12, 041026 (2022).

CAS  Google Scholar 

van der Meer, J., Ertel, B. & Seifert, U. Termodünaamiline järeldus osaliselt juurdepääsetavates Markovi võrkudes: ühendav perspektiiv üleminekupõhistest ooteajajaotusest. Eeltrükk kl https://arxiv.org/abs/2203.07427 (2022).

van der Meer, J., Degünther, J. & Seifert, U. Time-resolved statistics of snippets as general framework for model-free entropy estimators. Eeltrükk kl https://arxiv.org/abs/2211.17032 (2022).

Roldán, E., Barral, J., Martin, P., Parrondo, JMR & Jülicher, F. Quantifying Entropy production in active fluctuations of the hair-cell bundle from time irreversibility and uncertainty relations. Uus J. Phys. 23, 083013 (2021).

Artikkel  Google Scholar 

Tucci, G. et al. Aktiivsete mitte-Markovi võnkumiste modelleerimine. Phys. Rev. Lett. 129, 030603 (2022).

Artikkel  CAS  Google Scholar 

Skinner, DJ & Dunkel, J. Paremad piirid entroopia tootmisel elussüsteemides. Proc. Natl Acad. Sci. USA 118, e2024300118 (2021).

Artikkel  CAS  Google Scholar 

Weiss, JB, Fox-Kemper, B., Mandal, D., Nelson, AD & Zia, RKP Nonequilibrium oscillations, probability angular momentum ja kliimasüsteem. J. Stat. Phys. 179, 1010 – 1027 (2020).

Artikkel  Google Scholar 

Gonzalez, JP, Neu, JC ja Teitsworth, SW Eksperimentaalsed mõõdikud üksikasjaliku tasakaalu rikkumise tuvastamiseks. Phys. Rev E 99, 022143 (2019).

Artikkel  CAS  Google Scholar 

Zia, RKP, Weiss, JB, Mandal, D. & Fox-Kemper, B. Manifest and subtile cyclic bearies in nonequilibrium steady states. J. Phys. Konf. Ser. 750, 012003 (2016).

Artikkel  Google Scholar 

Li, J., Horowitz, JM, Gingrich, TR & Fakhri, N. Hajumise kvantifitseerimine fluktueerivate voolude abil. Nat. Kommuun. 10, 1666 (2019).

Artikkel  Google Scholar 

Guo, M. et al. Tsütoplasma stohhastiliste, mootoriga juhitavate omaduste uurimine jõuspektri mikroskoopia abil. Rakk 158, 822 – 832 (2014).

Artikkel  CAS  Google Scholar 

MacKintosh, FC & Levine, AJ Mootoriga aktiveeritavate geelide mittetasakaalumehaanika ja dünaamika. Phys. Rev. Lett. 100, 018104 (2008).

Artikkel  CAS  Google Scholar 

Malik-Garbi, M. et al. Skaleerimise käitumine püsiseisundi kokkutõmbuvates aktomüosiinivõrkudes. Nat. Phys. 15, 509 – 516 (2019).

Artikkel  CAS  Google Scholar 

MacKintosh, FC, Käs, J. & Janmey, PA Semiflexible biopolymer networks elasticity. Phys. Rev. Lett. 75, 4425 – 4428 (1995).

Artikkel  CAS  Google Scholar 

Valentine, MT, Perlman, ZE, Mitchison, TJ ja Weitz, DA Xenopus muna tsütoplasma ekstraktid. Biophys. J. 88, 680 – 689 (2005).

Artikkel  CAS  Google Scholar 

Field, CM, Pelletier, JF & Mitchison, TJ in Meetodid rakubioloogias: tsütokinees Vol. 137 (toim. Echard, A.) 395–435 (Academic, 2017).

Riedl, J. et al. Lifeact: mitmekülgne marker F-aktiini visualiseerimiseks. Nat. Meetodid 5, 605 – 607 (2008).

Artikkel  CAS  Google Scholar 

Chen, DT, Heymann, M., Fraden, S., Nicastro, D. & Dogic, Z. ATP tarbimine eukarüootsete flagella mõõdetuna ühe raku tasemel. Biophys. J. 109, 2562 – 2573 (2015).

Artikkel  CAS  Google Scholar 

Ruhnow, F., Zwicker, D. & Diez, S. Üksikute osakeste ja piklike filamentide jälgimine nanomeetri täpsusega. Biophys. J. 100, 2820 – 2828 (2011).

Artikkel  CAS  Google Scholar