Этот пост написан в соавторстве со Стивеном Эйлуордом, Мэттом МакКормиком, Брианной Мейджор из Kitware и Джастином Кирби из Национальной лаборатории исследований рака им. Фредерика (FNLCR).
Лаборатория студии Amazon SageMaker приводит бесплатный доступ в среду разработки машинного обучения (ML) всем, у кого есть адрес электронной почты. Как полнофункциональная Amazon SageMaker Studio, Studio Lab позволяет настраивать собственные Конда среда и создавайте масштабируемые с помощью процессора и графического процессора Ноутбуки JupyterLab версии 3, с легким доступом к новейшим инструментам для повышения производительности обработки данных и библиотекам с открытым исходным кодом. Кроме того, бесплатные учетные записи Studio Lab включают не менее 15 ГБ постоянного хранилища, что позволяет вам постоянно поддерживать и расширять ваши проекты в течение нескольких сеансов, а также позволяет вам мгновенно продолжить работу с того места, где вы остановились, и даже поделиться своей текущей работой и рабочей средой с другими.
Ключевой вопрос, с которым сталкивается сообщество медицинских изображений, заключается в том, как дать исследователям возможность экспериментировать и исследовать эти важные инструменты. Чтобы решить эту проблему, команды AWS работали с комплект и Национальная лаборатория исследований рака Фредерика (FNLCR) объединить три основных ресурса искусственного интеллекта для медицинских изображений для Studio Lab и всего сообщества JupyterLab с открытым исходным кодом:
Сочетание этих инструментов и данных позволяет исследователям искусственного интеллекта для медицинских изображений быстро разрабатывать и тщательно оценивать клинически готовые алгоритмы глубокого обучения в комплексной и удобной для пользователя среде. Члены команды из FNLCR и Kitware совместно создали серию блокнотов Jupyter, которые демонстрируют общие рабочие процессы для программного доступа и визуализации данных TCIA. Эти блокноты используют Studio Lab, чтобы позволить исследователям запускать блокноты без необходимости настраивать собственную локальную среду разработки Jupyter — вы можете быстро исследовать новые идеи или интегрировать свою работу в презентации, семинары и учебные пособия на конференциях.
В следующем примере показано, как Studio Lab работает с ноутбуком Jupyter, который загружает данные МРТ простаты TCIA, сегментирует их с помощью MONAI и отображает результаты с помощью itkWidgets.
Хотя вы можете легко проводить небольшие эксперименты и демонстрации с образцами ноутбуков, представленными в этом посте, в Studio Lab бесплатно, рекомендуется использовать Студия Amazon SageMaker при обучении собственных моделей медицинских изображений в масштабе. Amazon SageMaker Studio — это интегрированная веб-среда разработки (IDE) с функциями безопасности, управления и мониторинга корпоративного уровня, из которой вы можете получить доступ к специально разработанным инструментам для выполнения всех этапов разработки машинного обучения. Библиотеки с открытым исходным кодом, такие как MONAI Core и itkWidgets, также работают в Amazon SageMaker Studio.
Установите решение
Чтобы запустить блокноты TCIA в Studio Lab, вам необходимо зарегистрировать учетную запись, используя свой адрес электронной почты на Сайт Лаборатории Студии. Запросы на учетную запись могут быть одобрены в течение 1–3 дней.
После этого вы можете выполнить шаги установки, чтобы начать:
- Войдите в Studio Lab и запустите среду выполнения ЦП.
- В отдельной вкладке перейдите к Блокноты TCIA GitHub, репозиторий и выберите блокнот в корневой папке репозитория.
- Выберите Открытая студийная лаборатория открыть блокнот в Studio Lab.
- Вернувшись в Studio Lab, выберите Копировать в проект.
- В открывшемся новом всплывающем окне JupyterLab выберите Клонировать весь репозиторий.
- В следующем окне оставьте значения по умолчанию и выберите Клон.
- Выберите OK когда будет предложено подтвердить создание новой среды Conda (
medical-image-ai
).
Создание среды Conda займет до 5 минут. - В терминале, который открылся на предыдущем шаге, выполните следующую команду, чтобы установить NodeJS в
studiolab
Среда Conda, необходимая для установки расширения ImJoy JupyterLab 3, следующая:conda install -y -c conda-forge nodejs
Теперь мы устанавливаем расширение ImJoy Jupyter с помощью диспетчера расширений Studio Lab, чтобы включить интерактивные визуализации. Расширение Imjoy позволяет itkWidgets и другим процессам, интенсивно использующим данные, взаимодействовать с локальными и удаленными средами Jupyter, включая ноутбуки Jupyter, JupyterLab, Studio Lab и т. д. - В Менеджере расширений найдите «imjoy» и выберите Установите.
- Подтвердите пересборку ядра при появлении запроса.
- Выберите Сохранить и перезагрузить когда сборка будет завершена.
После установки расширения ImJoy вы сможете увидеть значок ImJoy в верхнем меню ваших блокнотов.
Чтобы убедиться в этом, перейдите в файловый браузер, выберите TCIA_Image_Visualalization_with_itkWidgets
Блокнот и выберите medical-image-ai
ядро для его запуска.
Значок ImJoy будет виден в верхнем левом углу меню ноутбука.
С помощью этих шагов установки вы успешно установили medical-image-ai
Ядро Python и расширение ImJoy в качестве предварительного условия для запуска блокнотов TCIA вместе с itkWidgets в Studio Lab.
Проверить решение
Мы создали набор блокнотов и учебник, демонстрирующий интеграцию этих технологий искусственного интеллекта в Studio Lab. Убедитесь, что выбрали medical-image-ai
Ядро Python при запуске ноутбуков TCIA в Studio Lab.
Первый ноутбук SageMaker показывает, как загружать изображения DICOM из TCIA и визуализировать эти изображения, используя возможности кинематографического объемного рендеринга itkWidgets.
Второй блокнот показано, как экспертные аннотации, доступные для сотен исследований по TCIA, можно загружать в виде объектов DICOM SEG и RSTRUCT, визуализировать в 3D или в виде наложений на 2D-срезы и использовать для обучения и оценки систем глубокого обучения.
Третий блокнот показывает, как предварительно обученные модели глубокого обучения MONAI, доступные в Model Zoo MONAI, можно загрузить и использовать для сегментации томов МРТ предстательной железы TCIA (или ваших собственных).
Выберите Открытая студийная лаборатория в этих и других блокнотах JupyterLab, чтобы запускать эти блокноты в свободно доступной среде Studio Lab.
Убирать
После того, как вы выполнили шаги по установке, описанные в этом посте, и создали medical-image-ai
Conda, вы можете удалить его, чтобы сэкономить место на диске. Для этого используйте следующую команду:
conda remove --name medical-image-ai --all
Вы также можете удалить расширение ImJoy через Extension Manager. Имейте в виду, что вам нужно будет воссоздать среду Conda и переустановить расширение ImJoy, если вы хотите продолжить работу с блокнотами TCIA в своей учетной записи Studio Lab позже.
Закройте вкладку и не забудьте выбрать Остановить выполнение на странице проекта Studio Lab.
Заключение
SageMaker Studio Lab бесплатно доступна для сообществ исследователей ИИ медицинских изображений и может использоваться для моделирования ИИ медицинских изображений и интерактивной визуализации медицинских изображений в сочетании с MONAI и itkWidgets. Вы можете использовать открытые данные TCIA и образцы блокнотов с Studio Lab на обучающих мероприятиях, таких как хакатоны и семинары. С помощью этого решения ученые и исследователи могут быстро экспериментировать, сотрудничать и внедрять инновации в области искусственного интеллекта для медицинских изображений. Если у вас есть учетная запись AWS и вы настроили домен SageMaker Studio, вы также можете запускать эти блокноты в Studio, используя ядро Data Science Python по умолчанию (с ImJoy-jupyter-extension
установлен) при выборе из разнообразие типов вычислительных инстансов.
Студия Лаборатория также запустил новую функцию на AWS re:Invent 2022 взять блокноты, разработанные в Studio Lab, и запускать их как пакетные задания по повторяющемуся расписанию в ваших учетных записях AWS. Таким образом, вы можете масштабировать свои эксперименты по машинному обучению за пределами бесплатных вычислительных ограничений Studio Lab и использовать более мощные вычислительные экземпляры с гораздо большими наборами данных в своих учетных записях AWS.
Если вы хотите узнать больше о том, как AWS может помочь вашей организации в области здравоохранения или биологических наук, свяжитесь с представитель AWS. Для получения дополнительной информации о MONAI и itkWidgets, пожалуйста, свяжитесь с комплект. Новые данные добавляются в TCIA на постоянной основе, и ваши предложения и вклады приветствуются, посетив веб-сайт TCIA.
Далее
Об авторах
Стивен Эйлуорд является старшим директором по стратегическим инициативам в Kitware, адъюнкт-профессором компьютерных технологий в Университете Северной Каролины в Чапел-Хилл и членом Общества MICCAI. Доктор Эйлуорд основал офис Kitware в Северной Каролине, руководил несколькими инициативами с открытым исходным кодом и в настоящее время является председателем консультативного совета MONAI.
Мэтт МакКормик, доктор философии, заслуженный инженер компании Kitware, где он возглавляет разработку Insight Toolkit (ITK), инструментария для научного анализа изображений. Он был главным исследователем и соисследователем нескольких исследовательских грантов Национальных институтов здравоохранения (NIH), руководил взаимодействием с национальными лабораториями США и руководил различными коммерческими проектами, предоставляющими передовое программное обеспечение для медицинских устройств. Доктор Маккормик является активным сторонником программного обеспечения с открытым исходным кодом, открытой науки и воспроизводимых исследований.
Брианна Мейджор является инженером-исследователем и разработчиком в Kitware, страстно увлеченным разработкой программного обеспечения и инструментов с открытым исходным кодом, которые принесут пользу медицинскому и научному сообществу.
JУстин Кирби является техническим руководителем проекта в Национальной лаборатории исследований рака им. Фредерика (FNLCR). Его работа сосредоточена на методах обеспечения обмена данными при сохранении конфиденциальности пациентов для повышения воспроизводимости и прозрачности исследований изображений рака. Его команда основала Архив изображений рака (TCIA) в 2010 году, который исследовательское сообщество использовало для публикации более 200 наборов данных, связанных с рукописями, грантами, конкурсами и крупными исследовательскими инициативами NCI. Эти наборы данных обсуждались в более чем 1,500 рецензируемых публикациях.
Ганг Фу является архитектором решений для здравоохранения в AWS. Он имеет докторскую степень в области фармацевтики Университета Миссисипи и более десяти лет занимается технологиями и биомедицинскими исследованиями. Он увлечен технологиями и их влиянием на здравоохранение.
Алекс Лемм является менеджером по развитию бизнеса медицинской визуализации в AWS. Алекс определяет и реализует стратегии выхода на рынок с партнерами по визуализации и руководит разработкой решений для ускорения исследований медицинских изображений на основе искусственного интеллекта и машинного обучения в облаке. Он увлечен интеграцией платформ машинного обучения с открытым исходным кодом со стеком AWS AI/ML.
- SEO-контент и PR-распределение. Получите усиление сегодня.
- Платоблокчейн. Интеллект метавселенной Web3. Расширение знаний. Доступ здесь.
- Источник: https://aws.amazon.com/blogs/machine-learning/share-medical-image-research-on-amazon-sagemaker-studio-lab-for-free/
- 1
- 100
- 2D
- 3d
- 77
- a
- в состоянии
- О нас
- ускорять
- доступ
- доступной
- Учетная запись
- Учетные записи
- через
- добавленный
- адрес
- продвинутый
- консультативный
- консультативный совет
- адвокат
- После
- AI
- ай исследование
- AI / ML
- Alex
- алгоритмы
- Все
- Позволяющий
- позволяет
- Amazon
- Создатель мудреца Амазонки
- Студия Amazon SageMaker
- Лаборатория студии Amazon SageMaker
- анализ
- и
- утвержденный
- архив
- доступен
- AWS
- AWS Re: Invent
- основа
- до
- не являетесь
- польза
- Beyond
- больший
- биомедицинских
- доска
- приносить
- браузер
- строить
- бизнес
- развитие бизнеса
- рак
- исследований рака
- возможности
- нести
- Кресла
- вызов
- Выберите
- облако
- сотрудничать
- сотрудничало
- COM
- сочетание
- объединять
- коммерческая
- Общий
- общаться
- Сообщества
- сообщество
- Сообщество
- Соревнования
- полный
- комплексный
- Вычисление
- компьютер
- конференции
- подтвердить
- обращайтесь
- продолжать
- непрерывно
- взносы
- Основные
- Corner
- Цена
- ЦП
- Создайте
- создали
- настроить
- данным
- наука о данных
- обмен данными
- Наборы данных
- Дней
- глубоко
- глубокое обучение
- По умолчанию
- по умолчанию
- Определяет
- демонстрировать
- Демос
- развивать
- развитый
- развивающийся
- Развитие
- Устройства
- директор
- обсуждается
- дисплеев
- Выдающийся
- домен
- Dont
- скачать
- загрузок
- легко
- включить
- позволяет
- инженер
- корпоративного класса
- Весь
- Окружающая среда
- средах
- существенный
- Эфир (ETH)
- оценивать
- оценка
- Даже
- События
- все члены
- пример
- Выполняет
- опыт
- эксперимент
- эксперту
- Больше
- расширение
- сталкиваются
- Особенность
- СПЕЦЦЕНА
- Особенности
- человек
- Файл
- First
- внимание
- следовать
- следует
- после
- Основана
- каркасы
- Фредерик
- Бесплатно
- от
- полностью
- получить
- GIF
- GitHub
- Иди в магазин
- управление
- гранты
- хакатон
- Медицина
- здравоохранение
- помощь
- имеет
- Как
- How To
- HTML
- HTTPS
- Сотни
- ICON
- идеи
- изображение
- анализ изображения
- изображений
- Изображениями
- Влияние
- улучшать
- in
- включают
- В том числе
- информация
- инициативы
- обновлять
- понимание
- устанавливать
- пример
- интегрировать
- интегрированный
- Интегрируя
- интеграции.
- интерактивный
- заинтересованный
- вопрос
- IT
- Джобс
- Jupyter Notebook
- Джастин
- Сохранить
- Основные
- лаборатория
- лаборатория
- последний
- запуск
- лидер
- Лиды
- изучение
- привело
- библиотеки
- ЖИЗНЬЮ
- Медико-биологическая промышленность
- недостатки
- локальным
- машина
- обучение с помощью машины
- поддерживать
- основной
- сделать
- менеджер
- основным медицинским
- медицинские приборы
- медицинская визуализация
- Участники
- Меню
- методы
- минимальный
- минут
- Миссисипи
- ML
- модель
- моделирование
- Модели
- Мониторинг
- БОЛЕЕ
- МРТ
- с разными
- национальный
- Национальные институты здоровья
- Откройте
- Необходимость
- Новые
- Новая функция
- следующий
- NIH
- север
- Северная Каролина
- ноутбук
- ноутбуки
- объекты
- Офис
- постоянный
- открытый
- открытые данные
- с открытым исходным кодом
- Программное обеспечение с открытым исходным кодом
- открытый
- Откроется
- организация
- Другое
- Другое
- собственный
- партнеры
- страсть
- страстный
- пациент
- вглядываться
- выполнять
- в Фармацевтической отрасли
- выбирать
- Платон
- Платон Интеллектуальные данные
- ПлатонДанные
- пожалуйста
- сообщения
- После
- мощный
- Presentations
- представлены
- Основной
- политикой конфиденциальности.
- Процессы
- производительность
- Инструменты для
- Профессор
- Проект
- проектов
- приводит
- обеспечение
- публикациям
- публиковать
- Питон
- быстро
- RE
- готовый
- Управление по борьбе с наркотиками (DEA)
- повторяющихся
- зарегистрироваться
- Связанный
- удаленные
- удаление
- оказание
- хранилище
- Запросы
- обязательный
- исследованиям
- исследование и разработка
- Научно-исследовательское сообщество
- исследователи
- Полезные ресурсы
- Итоги
- отзывы
- корень
- Run
- Бег
- sagemaker
- Лаборатория студии SageMaker
- Сохранить
- Шкала
- график
- Наука
- НАУКА
- Ученые
- Поиск
- Во-вторых
- безопасность
- сегмент
- сегментами
- выбор
- старший
- отдельный
- Серии
- сессиях
- набор
- несколько
- Поделиться
- разделение
- Шоу
- меньше
- So
- Общество
- Software
- Решение
- Решения
- РЕШАТЬ
- Источник
- Space
- стек
- Начало
- и политические лидеры
- Области
- Шаг
- Стивен
- Шаги
- диск
- Стратегический
- стратегий
- сильный
- исследования
- студия
- Успешно
- системы
- взять
- команда
- команды
- Технический
- технологии
- Технологии
- 10
- Терминал
- Ассоциация
- их
- следовательно
- В третьих
- тщательно
- три
- в
- вместе
- Инструментарий
- инструменты
- топ
- Train
- Обучение
- Прозрачность
- учебник
- учебные пособия
- Объединенный
- США
- Университет
- использование
- удобно
- различный
- проверить
- версия
- с помощью
- видимый
- визуализация
- объем
- тома
- Web-Based
- добро пожаловать
- который
- в то время как
- будете
- без
- Работа
- работавший
- Рабочие процессы
- работает
- Семинары
- лет
- ВАШЕ
- зефирнет
- ZOO