Вывод неравновесной активности, зависящей от масштаба, с использованием углеродных нанотрубок

Нидлман Д. и Догик З. Активное вещество на стыке материаловедения и клеточной биологии. Туземный Преподобный Матер. 2, 17048 (2017).

Статья  CAS  Google Scholar 

Рамасвами, С. Механика и статистика активного вещества. Анну. Преподобный Конденс. Материя физ. 1, 323-345 (2010).

Статья  Google Scholar 

Марчетти, М. и др. Гидродинамика мягкого активного вещества. Ред. Мод. Phys. 85, 1143-1189 (2013).

Статья  CAS  Google Scholar 

Бовик, М., Фахри, Н., Марчетти, М. и Рамасвами, С. Симметрия, термодинамика и топология в активном веществе. Phys. Версия X 12, 010501 (2022).

CAS  Google Scholar 

Ян, X. и др. Физическая биоэнергетика: потоки энергии, бюджеты и ограничения в клетках. Proc. Natl Acad. Sci. Соединенные Штаты Америки 118, e2026786118 (2021).

Статья  CAS  Google Scholar 

Тан, Т. и др. Самоорганизованные паттерны стресса управляют переходами состояний в актиновой коре. науч. Доп. 4eaar2847 (2018).

Статья  Google Scholar 

Gladrow, J., Fakhri, N., MacKintosh, FC, Schmidt, CF & Broedersz, CP Нарушенный детальный баланс динамики нитей в активных сетях. Phys. Преподобный Летт. 116, 248301 (2016).

Статья  CAS  Google Scholar 

Ландау Л., Лифшиц Э., Сайкс Дж. и Рейд В. Теория эластичности (Аддисон-Уэсли, 1959).

Brangwynne, CP, Koenderink, GH, MacKintosh, FC & Weitz, DA Неравновесные колебания микротрубочек в модели цитоскелета. Phys. Преподобный Летт. 100, 118104 (2008).

Статья  Google Scholar 

Англия, Дж. Л. Диссипативная адаптация при управляемой самосборке. Туземный Nanotechnol. 10, 919-923 (2015).

Статья  CAS  Google Scholar 

Мизуно Д., Тардин С., Шмидт С.Ф. и Маккинтош Ф.С. Неравновесная механика активных сетей цитоскелета. Наука 315, 370-373 (2007).

Статья  CAS  Google Scholar 

Баттл, С. и др. Нарушенный детальный баланс в мезоскопических масштабах в активных биологических системах. Наука 352, 604-607 (2016).

Статья  CAS  Google Scholar 

Эгольф Д.А. Обретенное равновесие: от неравновесного хаоса к статистической механике. Наука 287, 101-104 (2000).

Статья  CAS  Google Scholar 

Прост, Дж., Юлихер, Ф. и Джоанни, Дж. Ф. Активная гелевая физика. Туземный Phys. 11, 111-117 (2015).

Статья  CAS  Google Scholar 

О'Бирн Дж., Кафри Ю., Тайлер Дж. и ван Вейланд Ф. Необратимость времени в активном веществе, от микро к макро. Нац. Преподобный физ. 4, 167-183 (2022).

Статья  Google Scholar 

Гнесотто, Ф.С., Мура, Ф., Гладроу, Дж. И Бродерс, С.П. Нарушение детального баланса и неравновесная динамика в живых системах: обзор. Респ. прог. физ. 81, 066601 (2018).

Статья  CAS  Google Scholar 

Фахри, Н. и др. Картирование внутриклеточных колебаний с высоким разрешением с использованием углеродных нанотрубок. Наука 344, 1031-1035 (2014).

Статья  CAS  Google Scholar 

Фахри Н., Цибульский Д.А., Когнет Л., Вейсман Р.Б. и Паскуали М. Динамика изгиба одностенных углеродных нанотрубок в жидкости в зависимости от диаметра. Proc. Natl Acad. Sci. Соединенные Штаты Америки 106, 14219-14223 (2009).

Статья  CAS  Google Scholar 

Фахри, Н., Маккинтош, Ф.С., Лоунис, Б., Когнет, Л. и Паскуали, М. Броуновское движение жестких нитей в переполненной среде. Наука 330, 1804-1807 (2010).

Статья  CAS  Google Scholar 

Murrell, MP & Gardel, ML Изгиб F-актина координирует сократимость и разрыв в биомиметической актомиозиновой коре. Proc. Natl Acad. Sci. Соединенные Штаты Америки 109, 20820-20825 (2012).

Статья  CAS  Google Scholar 

Вайс, Дж. Б. Координатная инвариантность в стохастических динамических системах. Теллус А 55, 208-218 (2003).

Статья  Google Scholar 

Крукс, Г. Э. Теорема о флуктуациях производства энтропии и неравновесное рабочее соотношение для разностей свободной энергии. Phys. Ред. Е 60, 2721-2726 (1999).

Статья  CAS  Google Scholar 

Ро, С. и др. Безмодельное измерение локального производства энтропии и извлекаемой работы в активном веществе. Phys. Преподобный Летт. 129, 220601 (2022).

Статья  CAS  Google Scholar 

Harunari, P. E., Dutta, A., Polettini, M. & Roldán, É. What to learn from a few visible transitions’ statistics? Phys. Версия X 12, 041026 (2022).

CAS  Google Scholar 

ван дер Меер, Дж., Эртель, Б. и Зайферт, У. Термодинамический вывод в частично доступных марковских сетях: объединяющая перспектива распределения времени ожидания на основе переходов. Препринт в https://arxiv.org/abs/2203.07427 (2022).

ван дер Меер, Дж., Дегюнтер, Дж. и Зайферт, У. Статистика фрагментов с временным разрешением как общая основа для безмодельных оценок энтропии. Препринт в https://arxiv.org/abs/2211.17032 (2022).

Ролдан Э., Барраль Дж., Мартин П., Паррондо Дж. М. Р. и Юлихер Ф. Количественная оценка производства энтропии при активных флуктуациях пучка волосковых клеток на основе соотношений необратимости и неопределенности во времени. Нью Дж. Физ. 23, 083013 (2021).

Статья  Google Scholar 

Туччи, Г. и др. Моделирование активных немарковских колебаний. Phys. Преподобный Летт. 129, 030603 (2022).

Статья  CAS  Google Scholar 

Скиннер, Д.Дж. и Данкель, Дж. Улучшенные границы производства энтропии в живых системах. Proc. Natl Acad. Sci. Соединенные Штаты Америки 118, e2024300118 (2021).

Статья  CAS  Google Scholar 

Вайс, Дж. Б., Фокс-Кемпер, Б., Мандал, Д., Нельсон, А. Д. и Зиа, РКП Неравновесные колебания, вероятность углового момента и климатическая система. Дж. Стат. физ. 179, 1010-1027 (2020).

Статья  Google Scholar 

Gonzalez, JP, Neu, JC & Teitsworth, SW Экспериментальные метрики для обнаружения детального нарушения баланса. Phys. Ред. Е 99, 022143 (2019).

Статья  CAS  Google Scholar 

Зия, РКП, Вайс, Дж. Б., Мандал, Д. и Фокс-Кемпер, Б. Явное и тонкое циклическое поведение в неравновесных устойчивых состояниях. J. Phys. Конф. Сер. 750, 012003 (2016).

Статья  Google Scholar 

Ли, Дж., Горовиц, Дж. М., Гингрич, Т. Р. и Фахри, Н. Количественная оценка диссипации с использованием флуктуирующих токов. Туземный Commun. 10, 1666 (2019).

Статья  Google Scholar 

Го, М. и др. Исследование стохастических моторных свойств цитоплазмы с помощью микроскопии силового спектра. Ячейка 158, 822-832 (2014).

Статья  CAS  Google Scholar 

Маккинтош, Ф.К. и Левин, А.Дж. Неравновесная механика и динамика моторно-активируемых гелей. Phys. Преподобный Летт. 100, 018104 (2008).

Статья  CAS  Google Scholar 

Малик-Гарби, М. и др. Масштабирование поведения в стационарных сокращающихся актомиозиновых сетях. Туземный Phys. 15, 509-516 (2019).

Статья  CAS  Google Scholar 

Маккинтош, Ф.К., Кас, Дж. и Джанми, П.А. Эластичность полугибких биополимерных сетей. Phys. Преподобный Летт. 75, 4425-4428 (1995).

Статья  CAS  Google Scholar 

Валентайн М.Т., Перлман З.Е., Митчисон Т.Дж. и Вейц Д.А. Механические свойства Ксенопус экстракты цитоплазмы яиц. Biophys. J. 88, 680-689 (2005).

Статья  CAS  Google Scholar 

Филд, КМ, Пеллетье, Дж.Ф. и Митчисон, Т.Дж. Методы клеточной биологии: цитокинез Том. 137 (изд. Эчард, А.) 395–435 (Академический, 2017).

Ридл, Дж. и соавт. Lifeact: универсальный маркер для визуализации F-актина. Туземный методы 5, 605-607 (2008).

Статья  CAS  Google Scholar 

Чен Д.Т., Хейманн М., Фраден С., Никастро Д. и Догик З. Потребление АТФ жгутиками эукариот, измеренное на уровне одной клетки. Biophys. J. 109, 2562-2573 (2015).

Статья  CAS  Google Scholar 

Рунов Ф., Цвикер Д. и Диз С. Отслеживание одиночных частиц и удлиненных нитей с нанометровой точностью. Biophys. J. 100, 2820-2828 (2011).

Статья  CAS  Google Scholar