פוסט זה נכתב בשיתוף עם סטיבן איילוורד, מאט מקורמיק, בריאנה מייג'ור מ-Kitware וג'סטין קירבי מהמעבדה הלאומית של פרדריק לחקר הסרטן (FNLCR).
Amazon SageMaker Studio Lab מספק גישה ללא עלות לסביבת פיתוח למידת מכונה (ML) לכל מי שיש לו כתובת אימייל. כמו ה-Amazon SageMaker Studio הכלול במלואו, Studio Lab מאפשרת לך להתאים אישית את עצמך סביבת קונדה וליצור מעבד ו-GPU ניתנים להרחבה מחברות JupyterLab גרסה 3, עם גישה קלה לכלי הפרודוקטיביות העדכניים ביותר של מדעי הנתונים וספריות קוד פתוח. יתר על כן, חשבונות ללא תשלום של Studio Lab כוללים מינימום של 15 GB של אחסון מתמשך, המאפשר לך לתחזק ולבזבז את הפרויקטים שלך ברציפות על פני מספר הפעלות ומאפשר לך להמשיך באופן מיידי מאיפה שהפסקת ואפילו לשתף את העבודה והסביבות השוטפות שלך עם אחרים.
סוגיית מפתח איתה מתמודדת קהילת התדמית הרפואית היא כיצד לאפשר לחוקרים להתנסות ולחקור עם הכלים החיוניים הללו. כדי לפתור את האתגר הזה, צוותי AWS עבדו איתם Kitware ו המעבדה הלאומית לחקר הסרטן של פרדריק (FNLCR) להפגיש שלושה משאבי בינה מלאכותית של הדמיה רפואית עבור Studio Lab וכל קהילת JupyterLab בקוד פתוח:
הכלים והנתונים הללו משתלבים כדי לאפשר לחוקרי בינה מלאכותית של הדמיה רפואית לפתח במהירות ולהעריך ביסודיות אלגוריתמי למידה עמוקה מוכנים קלינית בסביבה מקיפה וידידותית למשתמש. חברי צוות מ-FNLCR ו-Kitware שיתפו פעולה כדי ליצור סדרה של מחברות Jupyter המדגימות זרימות עבודה נפוצות לגישה פרוגרמטית ולדמיין נתוני TCIA. מחברות אלה משתמשות ב-Studio Lab כדי לאפשר לחוקרים להפעיל את המחברות ללא צורך בהגדרת סביבת פיתוח מקומית משלהם של Jupyter - אתה יכול לחקור במהירות רעיונות חדשים או לשלב את עבודתך במצגות, סדנאות והדרכות בכנסים.
הדוגמה הבאה ממחישה את Studio Lab שמפעילה מחברת Jupyter שמורידה נתוני MRI TCIA ערמונית, מפלחת אותם באמצעות MONAI ומציגה את התוצאות באמצעות itkWidgets.
למרות שאתה יכול בקלות לבצע ניסויים והדגמות קטנות יותר עם המחברות לדוגמה המוצגות בפוסט זה ב-Studio Lab בחינם, מומלץ להשתמש סטודיו SageMaker של אמזון כשאתה מאמן את דגמי הדימויים הרפואיים שלך בקנה מידה. Amazon SageMaker Studio הוא סביבת פיתוח מבוססת אינטרנט (IDE) משולבת עם תכונות אבטחה, ממשל וניטור ברמה ארגונית, שמהן אתה יכול לגשת לכלים ייעודיים לביצוע כל שלבי הפיתוח של ML. ספריות קוד פתוח כמו MONAI Core ו-itkWidgets פועלות גם ב-Amazon SageMaker Studio.
התקן את הפתרון
כדי להפעיל את מחברות TCIA ב-Studio Lab, עליך לרשום חשבון באמצעות כתובת הדוא"ל שלך ב- אתר Studio Lab. בקשות לחשבון עשויות להימשך 1-3 ימים עד שיאושרו.
לאחר מכן, תוכל לבצע את שלבי ההתקנה כדי להתחיל:
- היכנס ל-Studio Lab ולהתחיל זמן ריצה של מעבד.
- בכרטיסייה נפרדת, נווט אל ריפו של מחברות TCIA GitHub ובחר מחברת בתיקיית השורש של המאגר.
- לבחור פתח את מעבדת סטודיו כדי לפתוח את המחברת ב-Studio Lab.
- בחזרה ב-Studio Lab, בחר העתק לפרויקט.
- בחלון הקופץ החדש של JupyterLab שנפתח, בחר שיבוט ריפו שלם.
- בחלון הבא, שמור על ברירת המחדל ובחר שיבוט.
- לבחור OK כאשר תתבקש לאשר לבנות את סביבת קונדה החדשה (
medical-image-ai
).
בניית סביבת קונדה תימשך עד 5 דקות. - בטרמינל שנפתח בשלב הקודם, הפעל את הפקודה הבאה כדי להתקין את NodeJS ב-
studiolab
סביבת Conda, הנדרשת להתקנת התוסף ImJoy JupyterLab 3 הבא:conda install -y -c conda-forge nodejs
כעת אנו מתקינים את התוסף ImJoy Jupyter באמצעות ה-Studio Lab Extension Manager כדי לאפשר הדמיות אינטראקטיביות. ההרחבה Imjoy מאפשרת ל-itkWidgets ולתהליכים עתירי נתונים אחרים לתקשר עם סביבות Jupyter מקומיות ומרוחקות, כולל מחברות Jupyter, JupyterLab, Studio Lab, וכן הלאה. - במנהל ההרחבות, חפש "imjoy" ובחר התקן.
- אשר לבנות מחדש את הליבה כאשר תתבקש.
- לבחור שמור וטען מחדש כאשר הבנייה תסתיים.
לאחר התקנת התוסף ImJoy, תוכל לראות את סמל ImJoy בתפריט העליון של המחברות שלך.
כדי לאמת זאת, נווט אל דפדפן הקבצים, בחר את TCIA_Image_Visualalization_with_itkWidgets
מחברת, ובחר את medical-image-ai
קרנל כדי להפעיל אותו.
סמל ImJoy יהיה גלוי בפינה השמאלית העליונה של תפריט המחברת.
עם שלבי ההתקנה האלה, התקנת בהצלחה את medical-image-ai
ליבת Python והרחבת ImJoy כתנאי מוקדם להפעלת מחברות TCIA יחד עם itkWidgets ב-Studio Lab.
בדוק את הפתרון
יצרנו סט של מחברות ומדריך המציג את השילוב של טכנולוגיות AI אלה ב-Studio Lab. הקפד לבחור את medical-image-ai
ליבת Python בעת הפעלת מחברות TCIA ב-Studio Lab.
המחברת הראשונה של SageMaker מראה כיצד להוריד תמונות DICOM מ-TCIA ולהמחיש את התמונות הללו באמצעות יכולות עיבוד הווליום הקולנועי של itkWidgets.
המחברת השנייה מראה כיצד ניתן להוריד את ההערות המומחיות הזמינות עבור מאות מחקרים על TCIA כאובייקטי DICOM SEG ו-RTSTRUCT, להמחיש בתלת-ממד או כשכבות-על על פרוסות דו-ממדיות, ולהשתמש בהן להדרכה והערכה של מערכות למידה עמוקה.
המחברת השלישית מראה כיצד ניתן להוריד מודלים של למידה עמוקה של MONAI שהוכשרו מראש הזמינים בגן החיות של MONAI ולהשתמש בהם כדי לפלח את נפחי ה- TCIA (או משלך) DICOM MRI ערמונית.
לבחור פתח את מעבדת סטודיו במחברות אלה ואחרות של JupyterLab כדי להשיק את המחברות הללו בסביבת Studio Lab הזמינה באופן חופשי.
לנקות את
לאחר שביצעתם את שלבי ההתקנה בפוסט זה ויצרתם את medical-image-ai
סביבת Conda, ייתכן שתרצה למחוק אותה כדי לחסוך בשטח אחסון. לשם כך, השתמש בפקודה הבאה:
conda remove --name medical-image-ai --all
אתה יכול גם להסיר את ההתקנה של התוסף ImJoy דרך מנהל ההרחבות. שים לב שתצטרך ליצור מחדש את סביבת Conda ולהתקין מחדש את תוסף ImJoy אם תרצה להמשיך לעבוד עם מחברות TCIA בחשבון Studio Lab שלך מאוחר יותר.
סגור את הכרטיסייה שלך ואל תשכח לבחור עצור זמן ריצה בדף הפרויקט של Studio Lab.
סיכום
SageMaker Studio Lab נגישה לקהילות מחקר בינה מלאכותית של תמונה רפואית ללא עלות וניתן להשתמש בה עבור מודלים של AI תמונה רפואית והדמיית תמונה רפואית אינטראקטיבית בשילוב עם MONAI ו-itkWidgets. אתה יכול להשתמש בנתונים הפתוחים של TCIA ובמחברות לדוגמה עם Studio Lab באירועי הדרכה, כמו האקתונים וסדנאות. בעזרת פתרון זה, מדענים וחוקרים יכולים להתנסות במהירות, לשתף פעולה ולחדש עם AI תמונה רפואית. אם יש לך חשבון AWS והגדרת תחום של SageMaker Studio, אתה יכול גם להפעיל את המחברות האלה ב-Studio באמצעות ליבת ברירת המחדל של Data Science Python (עם ImJoy-jupyter-extension
מותקן) תוך כדי בחירה מתוך א מגוון סוגי מופעי מחשוב.
גם סטודיו מעבדה השיקה תכונה חדשה ב-AWS re:Invent 2022 לקחת את המחברות שפותחו ב-Studio Lab ולהפעיל אותן כעבודות אצווה בלוח זמנים חוזר בחשבונות ה-AWS שלך. לכן, אתה יכול להרחיב את ניסויי ה-ML שלך מעבר למגבלות המחשוב החינמיות של Studio Lab ולהשתמש במופעי מחשוב חזקים יותר עם מערכי נתונים גדולים בהרבה בחשבונות ה-AWS שלך.
אם אתה מעוניין ללמוד עוד על האופן שבו AWS יכולה לעזור לארגון הבריאות או מדעי החיים שלך, אנא צור קשר עם א נציג AWS. למידע נוסף על MONAI ו-itkWidgets, אנא צור קשר Kitware. נתונים חדשים מתווספים ל-TCIA על בסיס מתמשך, וההצעות והתרומות שלך יתקבלו בברכה על ידי ביקור ב- אתר TCIA.
לקריאה נוספת
על הכותבים
סטיבן איילוורד הוא מנהל בכיר של יוזמות אסטרטגיות ב-Kitware, פרופסור נלווה למחשבים באוניברסיטת צפון קרולינה בצ'פל היל, ועמית בחברת MICCAI. ד"ר איילוורד ייסד את משרדו של Kitware בצפון קרוליינה, היה מנהיג של כמה יוזמות קוד פתוח, וכעת הוא יו"ר המועצה המייעצת של MONAI.
מאט מק'ורמיק, PhD, הוא מהנדס מובהק ב-Kitware, שם הוא מוביל את הפיתוח של Insight Toolkit (ITK), ערכת כלים מדעית לניתוח תמונות. הוא היה חוקר ראשי וחוקר שותף של מספר מענקי מחקר מהמכון הלאומי לבריאות (NIH), הוביל התקשרויות עם מעבדות לאומיות של ארצות הברית, והוביל פרויקטים מסחריים שונים המספקים תוכנה מתקדמת למכשירים רפואיים. ד"ר מקורמיק הוא תומך חזק בתוכנת קוד פתוח מונעת על ידי קהילה, מדע פתוח ומחקר שניתן לשחזור.
בריאנה מייג'ור הוא מהנדס מחקר ופיתוח ב-Kitware עם תשוקה לפיתוח תוכנות וכלים בקוד פתוח שיועיל לקהילות הרפואיות והמדעיות.
Jאוסטין קירבי הוא מנהל פרויקטים טכניים במעבדה הלאומית של פרדריק לחקר הסרטן (FNLCR). עבודתו מתמקדת בשיטות לאפשר שיתוף נתונים תוך שמירה על פרטיות המטופל לשיפור השחזור והשקיפות בחקר הדמיית סרטן. הצוות שלו הקים את The Cancer Imaging Archive (TCIA) ב-2010, שקהילת המחקר מינפה אותו לפרסום למעלה מ-200 מערכי נתונים הקשורים לכתבי יד, מענקים, תחרויות אתגר ויוזמות מחקר מרכזיות של NCI. מערכי נתונים אלה נדונו בלמעלה מ-1,500 פרסומים שנבדקו עמיתים.
כנופיית פו הוא אדריכל פתרונות בריאות ב-AWS. הוא בעל תואר דוקטור במדעי התרופות מאוניברסיטת מיסיסיפי ויש לו למעלה מעשר שנות ניסיון בטכנולוגיה ובמחקר ביו-רפואי. הוא נלהב מהטכנולוגיה וההשפעה שהיא יכולה לעשות על שירותי הבריאות.
אלכס לם הוא מנהל פיתוח עסקי להדמיה רפואית ב-AWS. אלכס מגדיר ומבצע אסטרטגיות יציאה לשוק עם שותפי הדמיה ומניע פיתוח פתרונות להאצת מחקר הדמיה רפואי מבוסס AI/ML בענן. הוא נלהב משילוב מסגרות ML בקוד פתוח עם ערימת AWS AI/ML.
- הפצת תוכן ויחסי ציבור מופעל על ידי SEO. קבל הגברה היום.
- Platoblockchain. Web3 Metaverse Intelligence. ידע מוגבר. גישה כאן.
- מקור: https://aws.amazon.com/blogs/machine-learning/share-medical-image-research-on-amazon-sagemaker-studio-lab-for-free/
- 1
- 100
- 2D
- 3d
- 77
- a
- יכול
- אודות
- להאיץ
- גישה
- נגיש
- חֶשְׁבּוֹן
- חשבונות
- לרוחב
- הוסיף
- כתובת
- מתקדם
- ייעוץ
- ועדת ייעוץ
- עו"ד
- לאחר
- AI
- ai מחקר
- AI / ML
- alex
- אלגוריתמים
- תעשיות
- מאפשר
- מאפשר
- אמזון בעברית
- אמזון SageMaker
- סטודיו SageMaker של אמזון
- Amazon SageMaker Studio Lab
- אנליזה
- ו
- מאושר
- ארכיון
- זמין
- AWS
- AWS re: המצאה
- בסיס
- לפני
- להיות
- תועלת
- מעבר
- גדול
- ביו-רפואי
- לוּחַ
- להביא
- דפדפן
- לִבנוֹת
- עסקים
- פיתוח עסקי
- מחלת הסרטן
- סרטן מחקר
- יכולות
- לשאת
- כִּסֵא
- לאתגר
- לבחור
- ענן
- לשתף פעולה
- שיתף פעולה
- COM
- שילוב
- לשלב
- מסחרי
- Common
- להעביר
- הקהילות
- קהילה
- מונחה קהילה
- תחרויות
- להשלים
- מַקִיף
- לחשב
- המחשב
- כנסים
- לאשר
- צור קשר
- להמשיך
- ברציפות
- תרומות
- ליבה
- בפינה
- עלות
- CPU
- לִיצוֹר
- נוצר
- אישית
- נתונים
- מדע נתונים
- שיתוף מידע
- מערכי נתונים
- ימים
- עמוק
- למידה עמוקה
- בְּרִירַת מֶחדָל
- מחדל
- מגדיר
- להפגין
- הדגמות
- לפתח
- מפותח
- מתפתח
- צעצועי התפתחות
- התקנים
- מְנַהֵל
- נָדוֹן
- מציג
- נִכבָּד
- תחום
- לא
- להורדה
- הורדות
- בקלות
- אמייל
- לאפשר
- מה שמאפשר
- מהנדס
- כיתה ארגונית
- שלם
- סביבה
- סביבות
- חיוני
- Ether (ETH)
- להעריך
- הערכה
- אֲפִילוּ
- אירועים
- כולם
- דוגמה
- מוציאים להורג
- ניסיון
- לְנַסוֹת
- מומחה
- לחקור
- הארכה
- מתמודד
- מאפיין
- מומלצים
- תכונות
- בחור
- שלח
- ראשון
- מרוכז
- לעקוב
- בעקבות
- הבא
- נוסד
- מסגרות
- פרדריק
- חופשי
- החל מ-
- לגמרי
- לקבל
- gif
- GitHub
- ללכת לשוק
- ממשל
- מענקים
- האקתונים
- בְּרִיאוּת
- בריאות
- לעזור
- מחזיק
- איך
- איך
- HTML
- HTTPS
- מאות
- ICON
- רעיונות
- תמונה
- ניתוח תמונה
- תמונות
- הדמיה
- פְּגִיעָה
- לשפר
- in
- לכלול
- כולל
- מידע
- יוזמות
- לחדש
- תובנה
- להתקין
- למשל
- לשלב
- משולב
- שילוב
- השתלבות
- אינטראקטיבי
- מעוניין
- סוגיה
- IT
- מקומות תעסוקה
- מחברת צדק
- ג'סטין
- שמור
- מפתח
- מעבדה
- מעבדה
- האחרון
- לשגר
- מנהיג
- מוביל
- למידה
- הוביל
- ספריות
- החיים
- מדעי חיים
- מגבלות
- מקומי
- מכונה
- למידת מכונה
- לתחזק
- גדול
- לעשות
- מנהל
- רפואי
- מכשירים רפואיים
- הדמיה רפואית
- להרשם/להתחבר
- תפריט
- שיטות
- מינימום
- דקות
- מיסיסיפי
- ML
- מודל
- דוגמנות
- מודלים
- ניטור
- יותר
- MRI
- מספר
- לאומי
- המכונים הלאומיים לבריאות
- נווט
- צורך
- חדש
- תכונה חדשה
- הבא
- NIH
- צפון
- צפון קרולינה
- מחברה
- מחשבים ניידים
- אובייקטים
- Office
- מתמשך
- לפתוח
- נתונים פתוחים
- קוד פתוח
- תוכנת קוד פתוח
- נפתח
- נפתח
- ארגון
- אחר
- אחרים
- שֶׁלוֹ
- שותפים
- תשוקה
- לוהט
- חולה
- להציץ
- לבצע
- התרופות
- לבחור
- אפלטון
- מודיעין אפלטון
- אפלטון נתונים
- אנא
- מוקפץ
- הודעה
- חזק
- מצגות
- מוצג
- מנהל
- פְּרָטִיוּת
- תהליכים
- פִּריוֹן
- כלי פרודוקטיביות
- פרופסור
- פּרוֹיֶקט
- פרויקטים
- מספק
- מתן
- פרסומים
- לפרסם
- פיתון
- מהירות
- RE
- מוכן
- מוּמלָץ
- חוזר
- הירשם
- קָשׁוּר
- מרחוק
- להסיר
- טיוח
- מאגר
- בקשות
- נדרש
- מחקר
- מחקר ופיתוח
- קהילת מחקר
- חוקרים
- משאבים
- תוצאות
- סקר
- שורש
- הפעלה
- ריצה
- בעל חכמים
- SageMaker Studio Lab
- שמור
- סולם
- לוח זמנים
- מדע
- מדעים
- מדענים
- חיפוש
- שְׁנִיָה
- אבטחה
- קטע
- מגזרים
- בחירה
- לחצני מצוקה לפנסיונרים
- נפרד
- סדרה
- הפעלות
- סט
- כמה
- שיתוף
- שיתוף
- הופעות
- קטן יותר
- So
- חֶברָה
- תוכנה
- פִּתָרוֹן
- פתרונות
- לפתור
- מָקוֹר
- מֶרחָב
- לערום
- התחלה
- החל
- הברית
- שלב
- סטיבן
- צעדים
- אחסון
- אסטרטגי
- אסטרטגיות
- חזק
- מחקרים
- סטודיו
- בהצלחה
- מערכות
- לקחת
- נבחרת
- צוותי
- טכני
- טכנולוגיות
- טכנולוגיה
- עשר
- מסוף
- אל האני
- שֶׁלָהֶם
- לכן
- שְׁלִישִׁי
- בִּיסוֹדִיוּת
- שְׁלוֹשָׁה
- ל
- יַחַד
- ארגז כלים
- כלים
- חלק עליון
- רכבת
- הדרכה
- שקיפות
- הדרכה
- הדרכות
- מאוחד
- ארצות הברית
- אוניברסיטה
- להשתמש
- ידידותי למשתמש
- שונים
- לאמת
- גרסה
- באמצעות
- נראה
- ראיה
- כֶּרֶך
- כרכים
- המבוסס על האינטרנט
- ברוך הבא
- אשר
- בזמן
- יצטרך
- לְלֹא
- תיק עבודות
- עבד
- זרימות עבודה
- עובד
- סדנות
- שנים
- זפירנט
- גן חיות